A história da Misericórdia de Alcáçovas ainda é desconhecida pelo que apenas se conhecem aspetos pontuais, por vezes carecendo de confirmação sobre a sua origem e evolução. De acordo com lápide em mármore existente na igreja da Misericórdia esta construção data de 1551. O ano está acompanhado pela inscrição do dia 10 de Setembro, mas não é claro se com essa data se pretendia marcar o início ou o fim da obra. Todavia, supõe-se que a fundação da instituição seja anterior. Túlio Espanca cita uma escritura, de 13 de Junho de 1551, de doação, por Margarida Rodrigues, de umas casas para a Misericórdia, situadas na rua Direita. Mas o texto do documento, até hoje, é desconhecido. Além disso, nas palavras de Túlio Espanca não é claro se o objetivo da doação das casas era que estas servissem como sede para fundação da instituição ou para a construção da igreja nesse espaço. Daquilo que é possível conhecer, por agora, da história da instituição através do contacto com a documentação que restou no arquivo da entidade, sabemos que possuiu um hospital e uma farmácia, tal como outras suas congéneres, e que ao longo de séculos cumpriu as várias obras de misericórdia no apoio aos pobres, aos doentes, aos presos e aos órfãos.