A legalização canónica da Província de Portugal ter-se-á formalizado no Capítulo Geral de 1418 ou no de 1421, sendo frei Gil Lobo de Tavira escolhido como primeiro provincial, no âmbito das cisões religiosas e do clima de guerra político vivido entre Portugal e Castela, nos finais do século XIV. Na sequência da decisão tomada pelo papa Leão X, em 1517, de dividir a Ordem em duas - a dos Frades Menores da Regular Observância e a dos Frades Menores Conventuais -, também em Portugal, e nesse mesmo ano, formam-se duas províncias: a Província de Portugal da Regular Observância (com 27 casas e sede no Convento de São Francisco da cidade de Lisboa) e a Província de Portugal dos Conventuais ou Claustrais (com 22 casas e sede no Convento de São Francisco do Porto). As três casas da Madeira ficam com os Observantes e as cinco dos Açores nos Conventuais. No entanto e a pedido do cardeal D. Henrique, os Conventuais são suprimidos e integrados na Província Observante de Portugal, por brevedo papa Pio V de 30 de Outubro de 1567, executado no ano seguinte. A sede desta Província permanece no convento de São Francisco da cidadede Lisboa. Desta província dependem ainda alguns mosteiros de Clarissas estabelecidos em Portugal a partir do século XIII, sendo muitos reformados ao longo do século XVI. Foi extinta em 1834.