A invocação inicial da paróquia de Alcáçovas era Santa Maria. Assim foi chamada em 1258, no texto do primeiro foral atribuído à povoação pelo bispo de Évora, D. Martinho. No entanto, em algum momento, entre aquele ano e 1302, o orago da freguesia foi alterado para S. Salvador.
O bispo de Évora, como senhorio da vila (apenas até 1271) e detentor da jurisdição espiritual, tinha direito a uma parte dos rendimentos da paróquia.
Em 1308 foi criada nesta igreja, pelo bispo D. Fernando III, uma colegiada. Além do reitor, passou a existir um conjunto mais alargado de clérigos, composto por três eclesiásticos com a denominação de porcionários ou raçoeiros (porque recebiam uma porção ou ração dos rendimentos), que no século XVI eram já designados por beneficiados. A partir desse momento cada uma das partes (bispo de Évora, reitor e raçoeiros) passaram a ter direito, cada uma, a uma terça parte das receitas da igreja.
No primeiro quartel do século XVI, metade dos dízimos da igreja pertencentes ao reitor foi utilizada para a criação de uma comenda da Ordem de Cristo. Por isso, os rendimentos da paróquia passaram a ser partilhados também com o comendador. Exercia esta função o senhor de Alcáçovas, da casa dos Henriques.
Em 1534, o número de beneficiados da igreja já tinha aumentado para quatro. Esse corpo colegial, que dotava a igreja de S. Salvador de uma maior dignidade funcionaria até 1834, quando foi extinto.
Ainda naquele ano, o bispo de Évora, Cardeal Infante D. Afonso, mandou realizar visitações às igrejas do bispado, entre as quais à igreja Matriz de Alcáçovas. As visitações eram ações de fiscalização episcopal às igrejas das dioceses, para verificação das condições físicas dos templos e das práticas do culto. Como resultado, davam-se ordens e estabeleciam-se coimas, para serem aplicadas no caso de incumprimento. A 13 de outubro o visitador, cujo nome não está identificado, inspecionou a igreja, de que era comendador D. Fernando Henriques, na presença do vigário perpétuo, do vigário da vara, da restante clerezia, dos juízes e oficias da câmara e de parte do povo da vila. Não temos os nomes dos vigários, nem dos oficiais da câmara, mas sabemos que em 1534 existiam 38 vigários da vara ou pedâneos na diocese de Évora e um deles estava em Alcáçovas. Estes vigários faziam parte da administração periférica diocesana e, em nome dos prelados, deveriam atuar para o cumprimento das constituições e dos regimentos episcopais.
O visitador considerou que a igreja estava bem servida no espiritual, mas deixou algumas ordens ao comendador e beneficiados no que ao temporal respeitava. Entre as várias disposições, destacamos o facto de ter ordenado que mandassem fazer no portado que ia para o coro umas portas de boa qualidade.
Naquele ano, era capelão o reitor Belchior Rodrigues e os quatro beneficiados eram o bispo D. Miguel, Luís Nunes, João Afonso e Cosme Fernandes. A renda da igreja saldava-se em 103.000 reais e a paróquia tinha 300 fregueses.
Como era comum na época, várias pessoas tinham deixado bens à igreja, de onde esta obtinha rendimentos através de aforamento. Outras vezes apenas lhe eram destinados determinados foros, provenientes de algumas propriedades. O intuito destas deixas testamentárias ou de doações em vida, era que se dissessem missas pelas almas dos doadores após a sua morte. Em 1534, os foros tanto eram pagos em géneros como em dinheiro. Entre os géneros os cereais tinham destaque, mas também se pagavam foros em azeite e em galinhas. Alguns bens não estavam aforados e daí não provinha receita.
Por terem recebido esses bens, o comendador e os beneficiados eram obrigados a cumprir, em cada ano, pelos defuntos doadores, a celebração de missas de sufrágio das almas. Estava estipulado que estas deveriam ocorrer todas as semanas. Começava-se o cerimonial ao domingo, com um noturno, e na segunda-feira celebrava-se uma missa de requiem.
Segundo Espanca, a Matriz sofreu alterações arquitetónicas de vulto quando foi remodelada e ampliada a partir de 1530-1531, com a provável influência do Cardeal Infante D. Afonso. Todavia, desconhecemos documento que fundamente a cronologia apontada. A igreja descrita na visitação parece ter já uma dimensão considerável, onde se referem elementos como o cruzeiro e o coro. Aparenta tratar-se da estrutura da atual igreja, ainda que esta viesse posteriormente a ser alvo de mais alterações nos séculos XVII e XVIII. Se a ampliação se deu a partir de 1530-1531, parece que em 1534 já estava avançada. Quanto às obras, o único ponto onde se referiram foi quando se ordenou que, se algumas pessoas se recusassem a entrar na igreja nos domingos e dias de festa, pagariam uma multa, sendo que metade desse valor seria aplicado para as obras da igreja. No entanto, esta referência não significa que as obras estivessem a decorrer naquele momento, pois sempre havia necessidade de intervenções nos templos. Poderia tratar-se de um valor para auxiliar obras futuras. De qualquer forma, independentemente da cronologia concreta das obras, o edifício apresenta uma arquitetura Renascentista e é um exemplo de igreja-salão, modelo cuja utilização terá mesmo antecedido o que foi aplicado na igreja de Santo Antão, em Évora.
No ano de 1537, D. Fernando Henriques, como comendador da Ordem de Cristo, mandou fazer um livro de tombo com o registo dos bens da igreja. Empreendimento determinado superiormente pelo bispo de Évora. O original deste livro, em pergaminho, ter-se-á perdido, mas existe no Arquivo da Paróquia uma cópia desse códice, manuscrito em papel que terá sido efetuado no século XVIII ou XIX . Sabemos, assim, que o tombo se iniciou a 5 de novembro de 1537 e que aquele senhor foi representado no ato por Álvaro Sutil, seu escudeiro. O vigário da vara, era o padre Sebastião Rodrigues e o redator do texto foi Duarte Lobo, tabelião das notas e judicial nomeado por D. Fernando Henriques.
O património da igreja constituía-se por casas, chãos, hortas, courelas, olivais, vinhas, currais e pardieiros, rendimentos de capelas instituídas na igreja, alfaias litúrgicas, paramentos e livros. No mesmo registo se copiaram documentos antigos que provavam os direitos da igreja.
Naquela data o reitor da igreja era Belchior Rodrigues, capelão do bispo, com um rendimento anual de 24.000 reais. E os seus beneficiados eram: João Afonso, Martim de Gouveia, Luís Nunes e Aleixo Peres.
Em 1539 um outro exemplar do mesmo tombo foi enviado para o cartório do cabido da Sé de Évora, mas aquele que ficou na igreja foi sendo acrescentado com mais informação até 1590.
Já em 1712 a distribuição dos dízimos da igreja, obtidos da vila e termo, era feita da seguinte forma: um terço era para o senhor de Alcáçovas, como comendador da Ordem de Cristo; outro terço era dividido em três partes, sendo duas para o arcebispo de Évora e uma para o cabido da Sé; o último terço era distribuído igualmente pelos quatro beneficiados. Da parte auferida, o comendador pagava 40.000 réis ao reitor e à fábrica da igreja 50.000 réis. Em 1758 os beneficiados usufruíam anualmente 200.000 réis cada um.
Nesta igreja terão funcionado diversas confrarias, com sede nas várias capelas, como testemunham os documentos que produziram e que se encontram no Arquivo da Paróquia. Nomeadamente as seguintes, que aqui registamos com os períodos em que conseguimos comprovar documentalmente o seu funcionamento: das Almas (1706-1868), de N. ª Sr.ª do Rosário (1791-1859), de N. ª Sr.ª dos Remédios (1797-1866), de N. ª Sr.ª da Assunção (1823-1859), de Santo António (1842-1866) e do Santíssimo Sacramento (1873-1892). No edifício esteve também sedeada a Venerável Ordem Terceira da Penitência de S. Francisco – com documentação no Arquivo da Paróquia produzida entre 1673 e 1880 – até que em 1750 foi transferida para outra igreja, bem como uma irmandade mais tardia, dedicada a S. Salvador e que encontrámos em atividade, pelo menos, entre 1919 e 1921.
O templo, de planta retangular e que é antecedido por um adro espaçoso, centrado por cruzeiro de mármore, apresenta uma fachada que se divide em três registos e cinco panos. Estes são marcados por pilares dóricos que separam o corpo principal, os corpos laterais – correspondentes às naves colaterais – e os dois torreões. Da edificação quinhentista são os portais, o principal de moldura retangular encimada por frontão, de inspiração classicista, e os laterais, de moldura retangular simples, e os torreões que terminam em pináculos piramidais. Todavia, nos meados do século XVII, pelo menos o torreão dos sinos ainda não estava terminado. Desconhece-se o autor do projeto arquitetónico, sabendo-se, porém, que durante alguns anos a obra foi dirigida pelo mestre de pedraria Baltazar Fernandes.
De facto, a torre sineira e a sacristia nova estavam a ser executadas no final de 1651 e nesse mesmo ano o coro ainda não estava terminado. Obras que se efetuavam por ordem arcebispal sendo que em visitação se ordenou que todas se acabassem, que a sacristia velha passasse a servir apenas para “despejos” e que os sinos fossem colocados na torre.
Segundo Espanca, o programa decorativo barroco, que englobou as molduras dos janelões do segundo registo da fachada, o remate do frontão do corpo central e os fogaréus, foi executo cerca de 1748.
O espaço interior da igreja divide-se em três naves de cinco tramos, antecedidas por coro-alto e cobertas por abóbada de nervuras assentes sobre colunas dóricas. Da campanha quinhentista subsistem também o púlpito, de mármore, e as pias de água benta. Diversas tampas de sepulturas observam-se no pavimento das naves.
A capela-mor, de planta quadrangular, é antecedida por arco triunfal emoldurado por pilastras dóricas. O espaço é coberto por abóbada de meio canhão, com caixotões estucados e policromados, e as paredes laterais são forradas com painéis de azulejo de tapete, em azul e branco e com figuração naturalista, executados por uma oficina lisboeta cerca de 1696. O retábulo, de talha maneirista, dourada e policromada, foi executado pelo mestre eborense Sebastião Vaz em 1640. Apresenta tribuna com trono que é terminado por maquineta para exposição do Santíssimo, coroada por friso de anjos esvoaçantes. A esta estrutura retabular pertence, para colocação no centro, uma tábua pintada em 1712, representando Cristo Salvador. Um crucifixo evidencia-se na boca do camarim e o sacrário é obra de 1794.
Nas naves laterais foram abertas oito capelas, quatro de cada lado. Na primeira do lado do Evangelho, foram sepultados os senhores de Alcáçovas desde o século XV. Esta capela faria parte do primitivo templo medieval e terá sido mantida na estrutura da nova igreja aquando das obras do século XVI. Na abóbada, apresenta nervuras que arrancam de colunas com capitéis fitomórficos do século XV. Os túmulos que estão encastrados nos alçados laterais são emoldurados com arcos onde se integram capitéis fitomórficos e antropomórficos, igualmente medievais. A capela sofreu depois algumas transformações no século XVII e a partir do século XVIII recebeu os títulos de Santíssimo Sacramento, Senhor Morto e Senhor Jesus dos Passos, este que já se verificava em 1758. Nela está exposto o Senhor dos Passos e aqui se encontram quatro leões tocheiros, de finais do século XVII, oriundos da igreja do mosteiro do Bom Jesus de Viana do Alentejo. Foram oferecidos à igreja do Salvador pelo arcebispo, D. Augusto Eduardo Nunes, após o encerramento daquela casa religiosa em 1902. A par desta capela situa-se a sacristia da confraria do Santíssimo Sacramento, construída em 1609. Do lado do Evangelho há mais três capelas: N. ª Sr.ª do Rosário, N. ª Sr.ª dos Remédios e Cristo Crucificado, vulgarmente denominada do Senhor Jesus do Pereira por ter sido instituída no século XVIII por Mateus Pereira, fundação sobre a qual há um processo no Arquivo da Paróquia. Do mesmo lado está ainda a capela batismal, com pia octogonal do século XVI e forrada com azulejos no século XX. Do lado da Epístola situam-se as capelas de Santo António, S. Francisco Xavier (hoje presidida pelo Sagrado Coração de Jesus), S. Luís, Rei de França (que também já teve as invocações de S. João Evangelista e de S. José) e S. Miguel ou das Almas. No seu conjunto as capelas da Matriz de S. Salvador possuem valioso e diversificado património artístico de talha, pintura (mural e em tela), escultura e azulejaria (alguma da fábrica Viúva Lamego) para um período cronológico alargado entre os séculos XVI e XX.
A igreja foi considerada Imóvel de Interesse Público pelo Decreto n.º 45/93, DR, 1.ª Série-B, n.º 280, de 30 novembro 1993, incluindo o adro e o cruzeiro.
