A história da instituição remonta ao ano de 1290, quando por bula papal foi reconhecida a existência do Estudo Geral de Lisboa, precedida de carta de fundação outorgada por D. Dinis. A atual instituição resulta da fusão - aprovada pelo Decreto-Lei n.º 266-E/2012, de 31 de Dezembro - da antiga Universidade de Lisboa, criada por Decreto de 22 de março de 1911, com a Universidade Técnica de Lisboa, criada por Decreto de 2 de dezembro de 1930, incluindo na sua estrutura o Estádio Universitário de Lisboa.

A Universidade de Évora foi fundada em 1559 pelo Cardeal D. Henrique e extinta no ano de 1759 pelo Marquês de Pombal.

Embora a vontade de criar uma Universidade no Alentejo venha já do tempo de D. Manuel I, foi o Cardeal D. Henrique que levou a cabo tal empresa.

O Papa Paulo IV, através da "Bula Erecçam da Vniversidade. Anno 1558", autoriza a criação de uma Universidade em Évora sob a direção e administração da Companhia de Jesus; e a "Bula Cum a Nobis", de abril de 1559, institui a nova Universidade. Inaugurada oficialmente em 1 de novembro de 1559, o Bispo de Targa, em representação do Cardeal D. Henrique, toma posse da nova Universidade e entrega-a à Companhia de Jesus.

Em 8 de fevereiro de 1759, no reinado de D. José I e por ordem do Marquês de Pombal, cessa toda a atividade académica, que coincide com a expulsão dos Jesuítas.

Após a extinção da Companhia de Jesus e o encerramento da Universidade de Évora, foram então, por Carta de Doação Régia de D. José I, de 4 de julho de 1774, entregues à Universidade de Coimbra os bens da Companhia de Jesus e os diversos cartórios que esta possuía na Universidade de Évora.

A refundação da Universidade de Évora dá-se em 1973 por decreto do, então, ministro da Educação José Veiga Simão. Cria-se o Instituto Universitário de Évora no mesmo local onde a antiga Universidade fora fechada. Pelo Decreto-Lei n.º 513/75, de 20 de setembro, é criada a Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça, visando substituir o Instituto Superior Económico e Social de Évora - fundado em 1964 por iniciativa da Companhia de Jesus e da Fundação Eugénio de Almeida, que suspendeu as atividades letivas na sequência do 25 de abril de 1974. Em 1976 ocorre a extinção da Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça e a subsequente integração dos seus alunos no recém criado Departamento de Economia do Instituto Universitário de Évora.

Em 1979, o Instituto Universitário de Évora dá lugar à nova Universidade de Évora e pelo Decreto-Lei n.º 174/86, de 1 de julho, são publicados os primeiros estatutos da Universidade de Évora.

Os seus antecedentes remontam à criação do Gabinete e do Museu de História Natural em 1772, na sequência da reforma pombalina, então integrados na Faculdade de Filosofia. Em 1991 é criado o Departamento de Ciências da Terra, herdeiro do Museu e Laboratório Mineralógico e Geológico.