Congregação ratificada pelo Capítulo Geral da Ordem em 1551, enquanto agrupamento provisório e extra-constitucional de conventos, sujeito ao provincial de Portugal. Receberia os seus estatutos em1580 da mão do mestre-geral Paulo Constabile. Teve uma significativa expansão após este período, com diversas fundações (Goa, Chaul, Cochim, entre outras) que rapidamente se tornaram importantes centros de vida espiritual e intelectual e de irradiação missionária.

Embora conhecida anteriormente, é a partir de finais do séc. XI, no âmbito da reforma gregoriana, que a Regra de S. Bento setende a impor como única regra observada por muitos mosteiros, num quadro de plena autonomia de cada casa, sob a direcção do superior escolhido pela comunidade. O amplo movimento de adesão à Regra Beneditina, mediado pela Ordem de Cluny e apoiado pela Santa Sé, atingirá sobretudo numerosos mosteiros do Norte do país, tendendo outros a optar pelo modelo canonical, na sujeição à Regra de Santo Agostinho. Os séculos finais da Idade Média serão marcados por um acentuado relaxamento na vivência monástica, agravado pelo sistema comendatário, que diversas tentativas de reforma, como a protagonizada por Frei João Álvares em Paço de Sousa, ou os projectos frustrados de introdução da observância por meio de D. Gomes de Florença, não conseguirão travar. A reforma acontecerá já no século XVI, muito por influência do exemplo espanhol, culminando com a constituição canónica da Congregação de S. Bento de Portugal, ratificada pela Santa Sé em 1567. O primeiro Capítulo Geral seria celebrado em 1570, no mosteiro de Tibães, doravante cabeça da Congregação portuguesa, e os abades passavam a ser eleitos no mesmo capítulo com um mandato trienal. Este sistema manter-se-ia até à extinção das casas da Congregação, ocorrida em 1834.

Congregação fundada em 1668 pelo Pe. Bartolomeu do Quental, após autorização régia e do cabido de Lisboa, sede vacante. Em 1671 obtinha de Clemente X a confirmação da fundação do instituto e em 1672 a aprovação dos respectivos estatutos. Instalados inicialmente no sítio da Boa Hora, transitariam para casa mais ampla, junto ao então hospital do Espírito Santo da Pedreira (na actual Rua do Carmo), ainda em 1674. A igreja sofreria importantes obras, já concluídas em 1690, e os Oratorianos encarregar-se-iam de ampliar a casa e de a enriquecer com importantes obras de arte. Sendo o convento duramente afectado pelo terramoto de 1755, os seus habitantes transitaram para o hospício das Necessidades. Embora as obras de reconstrução estivessem concluídas em 1792, os oratorianos opuseram-se a regressar à sua antiga casa, só o fazen- do, por intimação, em Julho de 1833. Aí ficariam apenas alguns meses, sendo a comunidade extinta pelo decreto de expulsão de 1834.

Associado, segundo as tradições conservadas pela cronística da Ordem, à figura de Frei Soeiro Gomes que, em 1217-1218, se teria instalado em Montejunto, na ermida dedicada a Nossa Senhora das Neves, teria sido abandonado pouco depois em favor de uma nova fundação em Santarém. Os escassos dados existentes, que carecem de maior esclarecimento e investigação, apontam para uma reconstrução do convento de Montejunto ligado a um movimento de reforma no interior da Ordem, iniciada no século XVIII por Fr. Manuel da Assunção. O maior rigor proposto para a casa levou-a a ser conhecida como “Recolecta de Montejunto”.

Convento fundado sob o patrocínio dos 3os Condes de Palma, D. Fernando Martins Mascarenhas e D. Brites Mascarenhas da Costa Castelo-Branco Barreto, junto a uma antiga ermida quinhentista, nos arredores da vila, dedicada a Nossa Senhora da Conceição. A primeira pedra do novo convento seria lançada a 29 de Maio de 1688, para aí transitando os frades que se encontravam em instalações provisórias no arrabalde da vila desde 1671. O convento foi extinto cerca de 1815, por falta de religiosos.

Convento fundado em 1505, por iniciativa do duque de Bragança, D. Jaime, no meio de um espesso bosque, onde existiam várias ermidas,um pouco acima da vila. Em 1548, ameaçando ruína, é reedificado, no mesmo sítio, pelo duque de Bragança, D. Teodósio. Também chamado de Nossa Senhora da Piedade ou dos Prazeres. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1572, manteve-se em instalações provisórias até à construção de um edifício mais grandioso, cuja primeira pedra foi lançada a 9 de Setembro de 1597. Aí teve a sua sede o vigário provincial e o governo da Congregação da Índia Oriental. Albergando inicialmente uma escola de estudos teológicos, esta transitaria para o anexo Colégio de Santo Agostinho ou de Nossa Senhora do Pópulo, fundado em 1602 e onde se ministravam os estudos primários, latim, teologia e filosofia. Extinto em 1834, encontrando-se actualmente em ruínas.

Convento fundado pelo padre Manuel de Jesus Maria, a 5 quilómetros de Moura, onde, por volta de 1677, inicia um período de vida eremítica. Ordenado presbítero em 1683, viria a reunir uma pequena comunidade junto à ermida de Nossa Senhora das Necessidades, entretanto erigida. Com o apoio do rei Pedro II, viria a obter a ratificação pontifícia dos estatutos da Congregação em 1709. Cabeça da Congregação, o convento seria reconstruído em 1722, após a morte do fundador. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1531 junto à ermida de S. Tomé, no termo de Évora, de acordo com licença obtida por D. Frei Baltasar Limpo do cardeal-infante D. Afonso, administrador do arcebispado. As terras destinadas à construção do convento seriam doadas à Ordem pela edilidade eborense em 1535, doação confirmada ainda nesse mesmo ano por D. João III e alargada pela rainha D. Catarina em 1538. Em 1663, por ocasião do assalto dos exércitos castelhanos de D. João de Áustria à cidade de Évora, o convento foi incendiado e os frades transferidos para o Paço Brigantino de Évora, doado aos carmelitas por D. Afonso VI em 1665. A igreja conventual, iniciada em 1670, seria sagrada em 1691. Convento extinto em 1834.
O convento de São Tomé de Évora é geralmente designado por convento do Carmo devido ao facto de ter pertencido a esta ordem.

Convento fundado em 1594, com o apoio do arcebispo D. Teotónio de Bragança, em casas de albergaria de Nossa Senhora dos Remédios, na Rua do Raimundo, posteriormente transformadas na ermida de Nossa Senhora das Brotas. Por dificuldades várias, a comunidade foi transferida, em 1606, para novas dependências, construídas junto às Portas de Alconchel. A respectiva igreja seria sagrada em 1614. Duramente afectado pelas invasões napoleónicas, que provocaram a morte de vários religiosos e várias depradações do espólio da casa, o convento foi extinto em 1834.