Reconhecida pela bula Pastoralis Officiis, de 26 de Outubro de1567 e definitivamente aceite por D. Sebastião nesse mesmo ano, a Congregação tinha a sua cabeça em Santa Maria de Alcobaça, reunindo sob a sua jurisdição os mosteiros cistercienses sedeados em território português.

Congregação formalmente instituída pelo papa Paulo IV em 1556, na linha da reforma dos cónegos regrantes portugueses iniciada por Frei Brás de Barros em 1527, que para os mesmos elaborara constituições próprias em 1539. Nesta Congregação se reuniriam paulatinamente todas as canónicas portuguesas.

Congregação ratificada pelo Capítulo Geral da Ordem em 1551, enquanto agrupamento provisório e extra-constitucional de conventos, sujeito ao provincial de Portugal. Receberia os seus estatutos em1580 da mão do mestre-geral Paulo Constabile. Teve uma significativa expansão após este período, com diversas fundações (Goa, Chaul, Cochim, entre outras) que rapidamente se tornaram importantes centros de vida espiritual e intelectual e de irradiação missionária.

Congregação fundada na dependência da Província de Portugal a partir do envio, em 1572, de um primeiro grupo de doze missionários, que nesse mesmo ano efectuariam as primeiras fundações, ainda provisórias, em Ormuz e Goa. As fundações multiplicar-se-iam rapidamente, a par da intensificação e expansão da actividade missionária dos Agosti- nhos, quer na costa oriental africana, quer em toda a costa do Índico e no Extremo Oriente. A Congregação seria extinta em 1834, com a concomitante extinção, em Portugal, das ordens religiosas.

A confraria do Santíssimo Sacramento teve sede numa das capelas da igreja Matriz.

A confraria de Santo António teve sede numa das capelas da igreja Matriz.