Colégio fundado sob o patrocínio de D. Francisca de Brito Sacoto e de seu marido, o desembargador Heitor de Pina, cavaleiro-fidalgo da Casa Real, que, tendo obtido de Clemente VIII, a 7 de Agosto de 1595, a bula autorizando a respectiva fundação, compram os terrenos para o efeito e suportam as obras que de imediato se iniciaram. O Colégio pôde assim ser habitado logo a partir de Dezembro de 1608. Os Estatutos do novo edifício, aprovados a 18 de Maio de 1607, colocavam o Colégio na dependência simultânea do Ordinário e da Companhia de Jesus. Com a expulsão dos Jesuítas em 1759, o imóvel passou para a posse da Coroa, que o vendeu em hasta pública.

Fundado em 1542 por Simão Rodrigues, com o apoio do rei João III. Por carta régia de 5 de Setembro de 1561, foi incorporado, juntamente com o Colégio das Artes, na Universidade de Coimbra, passando todos os seus membros e servidores a usufruir dos privilégios e liberdades outorgados a esta instituição. Albergados provisoriamente numa casa situada na Rua Couraça dos Apóstolos, deu-se início ao edifício definitivo a 14 de Abril de 1547, que incluía uma igreja dedicada ao Santíssimo Nome de Jesus, sagrada a 31 de Julho de 1698. As obras do Colégio prolongar-se-iam ainda durante o primeiro quartel do século XVIII. Com a expulsão dos Jesuítas, em 1759, o Colégio ficou abandonado durante alguns anos, sendo, em 1772, confiado ao bispo e cabido da Sé de Coimbra. A igreja seria convertida em catedral e parte do colégio seria cedido à Universidade para a instalação das Faculdades de Medicina e Filosofia. Após 1910, todo o Colégio foi confiado à Universidade, com exclusão da igreja, torres dos sinos, claustro, sacristia e algumas dependências desta, mantidos em posse da diocese.

Colégio fundado em 1556, quando um primeiro grupo de freires de Cristo se instalam, provisoriamente, nas casas onde funcionava o Colégio de S. Jerónimo, próximo do castelo. O Colégio assumiria a denominação de Nossa Senhora da Conceição, titular do oratório ou igreja colegial. Em 1560, projecta-se a construção do novo Colégio, em local fora da cidade. O apoio do Cardeal-Infante D. Henrique mostrar-se-ia decisivo para o avanço definitivo da obra, dando-se o lançamento da primeira pedra a 9 de Maio de 1566. O edifício seria finalmente benzido a 17 de Março de 1713. Extinto em 1834, foi totalmente demolido em finais do século XIX.

Colégio fundado em 1543 por D. João III e confiado ao reformador Frei Luís de Montoya, que assegurou o seu governo nos primeiros anos de actividade. Beneficiando da protecção e prodigalidade régias, que lhe garantiram as rendas necessárias à sua sustentação e à construção das suas dependências, teve o concurso de importantes figuras da elite artística de então, entre os quais Diogo de Castilho, responsável pelo projecto da respectiva igreja, concluída em 1555. Extinto em 1834.

Fundado pelo cardeal-infante D. Henrique, que lançou a primeira pedra do edifício a 15 de Junho de 1577, foi incorporado na Universidade e colocado sob a administração da Companhia de Jesus de acordo com a bula de 1576 e o breve de 13 de Julho de 1579. Apesar de as obras só se concluírem em 1605, já em 1593 o colégio podia albergar os seus primeiros 50 alunos. Encerrado oficialmente em Setembro de 1759, com a expulsão dos Jesuítas, foi confiado pela rainha Maria I aos Padres da Missão a 30 de Junho de 1779, tomando a Congregação posse do Colégio a 25 de Agosto desse mesmo ano. Extinto em 1834, o edifício passaria a albergar o Seminário Maior da Arquidiocese a partir de 1854.

Colégio construído a expensas da herança de João Gomes Pinto,chantre da Sé de Coimbra († 1703), com estudo de Teologia para os frades da Ordem e de Teologia Moral aberto a externos.

Fundado em 1578, após a aprovação da Congregação Portuguesa,sob a protecção e assistência económica do cardeal-infante D. Henrique, incluía as cátedras de Filosofia e Teologia. A este colégio foram anexados, em 1593, os bens do mosteiro de Montemuro. Extinto em 1834.

Colégio fundado em 1605, junto a uma ermida já existente, dedicada a S. Sebastião. As obras seriam muito lentas, recebendo um for- te impulso após 1631, em virtude da doação para o efeito de um conjunto avultado de bens obtidos por via de herança pelo Pe. Simão de Almeida (S.J.). O projecto do Colégio, da autoria provável de Mateus do Couto, permanecia ainda por cumprir na sua totalidade, quando os jesuítas foram forçados a abandonar a casa, em virtude do decreto de expulsão de 1759. O Colégio seria, pouco tempo depois, adaptado a uma fábrica de lanifícios, por ordem do próprio Marquês de Pombal datada de 1771.