Os primeiros religiosos chegaram a Estremoz em 1671, instalando-se primeiramente na moradia de Frei José do Rosário, na Rua das Arcas, no bairro do castelo, até transitarem para as dependências da Irmandade do Espírito Santo. Daí sairiam por determinação do arcebispo D. Diogo de Sousa, para regressarem definitivamente para o mesmo local por licença do prelado D. Frei Domingos de Gusmão. O Convento foi extinto em 1834.

Convento fundado em 1505, por iniciativa do duque de Bragança, D. Jaime, no meio de um espesso bosque, onde existiam várias ermidas,um pouco acima da vila. Em 1548, ameaçando ruína, é reedificado, no mesmo sítio, pelo duque de Bragança, D. Teodósio. Também chamado de Nossa Senhora da Piedade ou dos Prazeres. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1630, em virtude do cumprimento de verba testamentária da infanta D. Maria, filha do rei Manuel I que, em 1577, deixara determinado que à custa das suas rendas se fundasse em Lisboa um mosteiro de religiosas de S. Bento, com capacidade para 63 freiras. Embora o mosteiro fosse efectivamente ocupado pelas primeiras religiosas a 15 de Setembro de 1630, só a partir de 1642, graças a licença outorgada pelo papa Paulo V e ratificada pelo rei João IV, a casa passaria efectivamente a pertencer à Ordem de Avis, mantendo a invocação de Nossa Senhora da Encarnação, em cumprimento da vontade expressa pela sua instituidora. Seria alvo de importantes obras de reconstrução após um incêndio que afectou o edifício em 1734 e na sequência dos graves danos provocados pelo terramoto de 1755. Após a extinção das ordens religiosas masculinas, o convento foi-se reduzindo a recolhimento, funções que continuaria a manter mesmo após a supressão da Chancelaria da Ordem de Avis, em 1934.

Convento fundado por volta de 1512, junto a uma pequena igreja já existente, dedicada a Nossa Senhora da Graça, entregue aos agostinhos por D. Afonso de Portugal, bispo de Évora, em 1520. As obras iniciar-se-iam de imediato, com o apoio dos monarcas, dos prelados eborenses e de importantes membros da nobreza, entre os quais D. Francisco de Portugal, 1.o Conde do Vimioso, que receberia o padroado da igreja conventual, já concluída em 1540, e na qual faria colocar o seu próprio túmulo. Convento extinto em 1834.

Convento fundado em 1572, manteve-se em instalações provisórias até à construção de um edifício mais grandioso, cuja primeira pedra foi lançada a 9 de Setembro de 1597. Aí teve a sua sede o vigário provincial e o governo da Congregação da Índia Oriental. Albergando inicialmente uma escola de estudos teológicos, esta transitaria para o anexo Colégio de Santo Agostinho ou de Nossa Senhora do Pópulo, fundado em 1602 e onde se ministravam os estudos primários, latim, teologia e filosofia. Extinto em 1834, encontrando-se actualmente em ruínas.

Convento fundado junto à ermida de Nossa Senhora da Luz, por determinação do rei João III, após uma primeira licença pontifícia dada a 18 de Fevereiro de 1544. Contudo, só por bula de Paulo IV datada de 26 de Maio de 1555 se confirmaria, não apenas a nova fundação como a transferência da tutela do santuário da esfera da Ordem de Cister para a de Cristo. Os freires de Cristo, a habitar em instalações provisórias junto ao templo desde 1545, passariam para o novo convento em 1559. Fruto do empenho da Infanta D. Maria, filha do rei Manuel I, foi iniciada, em 1575, a construção de um novo e grandioso santuário para albergar a imagem da Senhora da Luz, com projecto do arquitecto Jerónimo de Ruão, que seria concluído em 1596, já após a morte da sua benfeitora, cujos restos mortais aí se recolheriam no ano seguinte. Duramente afectado pelo terramoto de 1755, o templo seria alvo de significativas reconstruções e alterações, incluindo a actual fachada a nascente, concluída em 1870. Também o convento sofreria bastante com o terramoto de 1755, não estando ainda concluídas todas as obras quando a extinção de 1834 provocou o desaparecimento da comunidade monástica.

Convento fundado junto a uma anterior ermida, dedicada a Nossa Senhora da Penha de França, entregue aos agostinhos em 1603. Foi construída uma igreja maior, com risco de Teodósio de Frias, e edificado o convento, que sofreria importantes ampliações em 1754. O terramoto de 1755 afectaria duramente o convento e a igreja, cuja reconstrução só se concluiria em 1785. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1540, nas proximidades de Vila Verde, num vale junto à Serra de Montejunto, como casa observante, por iniciativa de D. Pedro de Noronha, senhor de Vila Verde, numa sua quinta de recreio. Aí fica sepultado, em campa rasa, na capela-mor. O convento é, de início, doado aos franciscanos da Ordem Terceira e só depois passa à Província dos Algarves. Extinto em 1834.

Fundação ocorrida em 1669, com o apoio de Fr. José de Santa Teresa e do fidalgo eborense António Luís Ribeiro, que doa, para o efeito, a sua quinta da Malagueira, situada no termo da cidade. Por determinação do Pe. Fr. Manuel da Conceição, a comunidade de religiosos instala-se provisoriamente em casas do bacharel da Sé, Diogo Conforte Correia, até transitar para o novo convento, em 1670, instalado nos paços dos senhores de Bobadela, na Rua do Raimundo, entretanto adquiridos graças ao beneplácito da rainha. As obras estender-se-iam ao longo de todo o resto da centúria, sendo a igreja aberta ao culto em 1698. O convento foi extinto em 1834.