A Universidade de Évora foi fundada em 1559 pelo Cardeal D. Henrique e extinta no ano de 1759 pelo Marquês de Pombal.

Embora a vontade de criar uma Universidade no Alentejo venha já do tempo de D. Manuel I, foi o Cardeal D. Henrique que levou a cabo tal empresa.

O Papa Paulo IV, através da "Bula Erecçam da Vniversidade. Anno 1558", autoriza a criação de uma Universidade em Évora sob a direção e administração da Companhia de Jesus; e a "Bula Cum a Nobis", de abril de 1559, institui a nova Universidade. Inaugurada oficialmente em 1 de novembro de 1559, o Bispo de Targa, em representação do Cardeal D. Henrique, toma posse da nova Universidade e entrega-a à Companhia de Jesus.

Em 8 de fevereiro de 1759, no reinado de D. José I e por ordem do Marquês de Pombal, cessa toda a atividade académica, que coincide com a expulsão dos Jesuítas.

Após a extinção da Companhia de Jesus e o encerramento da Universidade de Évora, foram então, por Carta de Doação Régia de D. José I, de 4 de julho de 1774, entregues à Universidade de Coimbra os bens da Companhia de Jesus e os diversos cartórios que esta possuía na Universidade de Évora.

A refundação da Universidade de Évora dá-se em 1973 por decreto do, então, ministro da Educação José Veiga Simão. Cria-se o Instituto Universitário de Évora no mesmo local onde a antiga Universidade fora fechada. Pelo Decreto-Lei n.º 513/75, de 20 de setembro, é criada a Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça, visando substituir o Instituto Superior Económico e Social de Évora - fundado em 1964 por iniciativa da Companhia de Jesus e da Fundação Eugénio de Almeida, que suspendeu as atividades letivas na sequência do 25 de abril de 1974. Em 1976 ocorre a extinção da Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça e a subsequente integração dos seus alunos no recém criado Departamento de Economia do Instituto Universitário de Évora.

Em 1979, o Instituto Universitário de Évora dá lugar à nova Universidade de Évora e pelo Decreto-Lei n.º 174/86, de 1 de julho, são publicados os primeiros estatutos da Universidade de Évora.

Administrada pelo cabido quando não existia bispo. A especificidade e a quantidade de documentação referente a esta administração determinou a sua constituição em subfundo do cabido. Todavia, por vezes, em alguns documentos do cabido existem registos conjuntos referentes quer ao cabido, quer à mitra. Esses casos foram assinalados na documentação do cabido.

Os confrades eram dignidades e cónegos do cabido, bacharéis, capelães, raçoeiros e leigos. Uma vez que era composta por cónegos e que não se conhece muito do seu funcionamento, foi considerada um subfundo Cabido da Sé.

Casa edificada entre 1585 e 1589, de acordo com o plano estabelecido pelo provincial Alessandro Valigniano, sendo a respectiva igreja iniciada em 1594, à custa dos legados do capitão de Ormuz e Cochim D. Jerónimo de Mascarenhas, e sagrada por D. Frei Aleixo de Meneses em Maio de 1605. O templo alberga, entre outras, a capela de S. Francisco Xavier, concluída em 1659, ano da transladação do corpo do santo, com a magnífica caixa de prata feita por artistas goeses, que encerra os restos mortais do Apóstolo do Oriente, e o monumento onde esta assenta, oferecido pelo grão-duque da Toscana Cosimo III Medice e executado pelo marmorista florentino Giovanni Battista Foggini, por volta de 1697. O edifício conventual, de três pisos, foi vítima de dois incêndios, um em 1663 e outro em 1781, mas as reconstruções parecem ter respeitado o essencial da traça primitiva. As últimas grandes obras de engrandecimento desta casa tiveram lugar em 1890, por ocasião das festas xavierianas.