A documentação existente reveste-se de excepcional importância para o conhecimento da história administrativa da instituição. A partir deste fundo podemos, com alguma facilidade e precisão, traçar a história da instituição, desde a sua fundação nos princípios do século XVI (1508/1509), até aos nossos dias, ainda que nos deparemos com alguns lapsos documentais. Trata-se pois, em conjunto com o fundo da Câmara Municipal, de todo um acervo de grande importância para o estudo da vida social, económica, política, militar, moral e religiosa de quase cinco séculos da história local e regional, podendo-se assim estabelecer a reconstituição histórica das instituições e conhecer as vivências de uma comunidade como Vila Viçosa que, nos séculos XVI e XVII, assumiu destacada importância na vida histórica e social do país, não esquecendo a Santa Casa da Misericórdia como elemento e órgão dinamizador das populações durante tão longo período de tempo.