Em 1258 o bispo de Évora, D. Martinho, e o deão e o Cabido da mesma cidade, concederam o primeiro foral a Santa Maria de Alcáçovas. Documento normativo que estabelecia os contornos das relações entre os homens da localidade e destes com essa autoridade superior que era o bispo, no que tocava a direitos e deveres, nomeadamente o pagamento de determinados tributos e coimas. O diploma tinha como fim promover o povoamento e o desenvolvimento da localidade.
Entre aquela data e 1271 a vila (já assim era considerada em 1258) viu o seu nome simplificado apenas para Alcáçovas. E entre aquele mesmo ano, de 1258, e 1308, em algum momento o orago da freguesia passou de Santa Maria para São Salvador.
No termo do concelho de Alcáçovas, ou seja, dentro dos limites do concelho, existia um território com autonomia jurisdicional: o reguengo de Alcalá, também chamado de julgado de Alcalá. Reguengo era a qualificação jurisdicional que possuíam os lugares dependentes diretamente da autoridade do rei, ou seja, terras cujo senhor era o próprio rei. O de Alcáçovas foi aforado por D. Dinis, em 1283, a todos os que estivessem interessados, para que fosse cultivado. Tratou-se, portanto, de um aforamento coletivo. O facto de ser jurisdicionalmente classificado como julgado, circunstância que não sabemos quando se fixou, significa que tinha justiças próprias, isto é, eram os que aí viviam que elegiam os juízes que julgavam as suas causas, e nele não podiam entrar outros magistrados régios ou senhoriais. Na prática, tratava-se de um território que, embora nas imediações da vila, sobre ele a câmara não tinha qualquer intervenção. Partindo do princípio que os atuais montes do Reguengo de Alcalá e da Alcalainha constituíam o Reguengo de Alcalá, estes fazem hoje parte do concelho de Évora, embora se situem a pouco mais de um quilómetro dos limites NE da freguesia de Alcáçovas.
Embora alguns autores tenham afirmado que Alcáçovas também recebeu um foral de D. Dinis, Maria Alegria Fernandes Marques já discutiu o tema, concluindo que não há qualquer notícia de um foral atribuído por aquele soberano.
No que respeita a textos regulamentares, era comum na Idade Média que determinados concelhos passassem a outros os seus costumes e leis locais. Assim, em 1299, o alcaide e os juízes do concelho de Évora enviaram cópias dos seus costumes ao alcaide e juízes do concelho de Alcáçovas, a mando do rei D. Dinis. Na Idade Média o alcaide era um cargo de natureza militar, embora também pudesse acumular funções da magistratura municipal e intervir nos negócios administrativos e de jurisdição. Os juízes eram os cargos superiores nas câmaras municipais, exercendo a justiça no aro do concelho.
Talvez a ideia perpetuada de que D. Dinis concedeu um foral a Alcáçovas se tenha devido a um erro de interpretação, que tenha confundido o aforamento coletivo de 1283, ou os costumes passados de Évora a Alcáçovas em 1299, com um novo texto foralengo.
No âmbito da reforma dos forais levada a cabo por D. Manuel I, aquele concebeu à localidade um foral novo em 1512. Na época a câmara da vila era constituída por dois juízes, três vereadores, um procurador e um escrivão da câmara. À exceção do procurador e do escrivão todos os outros eram escudeiros, sinal de alguma nobilitação do poder nesta vila. No final do século XVI, estes oficiais eram eleitos localmente e confirmados pelos senhores de Alcáçovas.
Talvez também no século XVI, Alcáçovas terá recebido o seu pelourinho, símbolo da sua autonomia concelhia, do qual há registo documental de ter sido demolido em 1865, mas que nunca foi referenciado em publicações sobre o tema. Fragmentos dessa obra serão as pedras trabalhadas que foram encontrados em 2015, aquando da realização das obras de reabilitação da igreja Matriz, e que estão hoje no interior dessa mesma igreja. De facto, a feição de duas delas, por comparação com as partes componentes dos pelourinhos, levam-nos a colocar a hipótese de que pudessem ter pertencido a esse monumento de Alcáçovas. Efetivamente, uma delas poderia ser uma base, onde assentava a coluna do pelourinho, e a outra, o remate do mesmo. Esta, de maior valor artístico, apresenta o que parece ser uma representação rudimentar de uma esfera armilar encimada por uma coroa, símbolos régios por excelência no período manuelino e que se encontram em outros pelourinhos de diversos concelhos, com destaque para o século XVI e posteriores.
Na época setecentista, o núcleo central da câmara da câmara de Alcáçovas era composto por dois juízes ordinários, três vereadores e um procurador. Juízes e vereadores eram oriundos das famílias mais proeminentes da localidade, ou seja, provinham dos mais ricos e com maior reconhecimento social, a nobreza local. Estando as funções judiciais reservadas aos juízes, os vereadores eram aqueles que efetivamente exerciam o governo da terra. Por outro lado, o procurador era oriundo dos estratos mais baixos da sociedade local, normalmente oficial mecânico (oleiro, tecelão, sapateiro, etc.) e competia-lhe zelar pelos bens concelhios. Por vezes, também era tesoureiro. A câmara tinha também um escrivão para reduzir a escrito todos os documentos necessários, sendo que era comum que juízes ordinários e vereadores não soubessem ler nem escrever. Havia ainda um juiz dos órfãos que devia zelar pelos interesses dos órfãos e pela administração correta dos seus bens, com quem também trabalhava um escrivão. E dois tabeliães, diríamos hoje notários, eram a garantia da autenticidade dos atos notariais.
Existia ainda, acima destes, a figura do ouvidor senhorial, magistrado que, em nome do senhor, tinha o poder de julgar – em segunda instância e com jurisdição cível e crime – as causas, depois de julgadas pelos juízes ordinários locais, numa primeira instância judicial. Tinha também funções de fiscalização da atuação daqueles.
Em 1836 a história administrativa da vila iria mudar drasticamente. O código administrativo de 1836 iniciou uma reorganização administrativa sob uma perspetiva centralista. O número de concelhos, passou então de mais de 800 para 343. Entre os vários concelhos extintos também esteve o de Alcáçovas, passando a vila a ser uma freguesia do concelho de Viana do Alentejo.
