Congregação formalmente instituída pelo papa Paulo IV em 1556, na linha da reforma dos cónegos regrantes portugueses iniciada por Frei Brás de Barros em 1527, que para os mesmos elaborara constituições próprias em 1539. Nesta Congregação se reuniriam paulatinamente todas as canónicas portuguesas.

Reconhecida pela bula Pastoralis Officiis, de 26 de Outubro de1567 e definitivamente aceite por D. Sebastião nesse mesmo ano, a Congregação tinha a sua cabeça em Santa Maria de Alcobaça, reunindo sob a sua jurisdição os mosteiros cistercienses sedeados em território português.

Convento erguido no alto do monte da Boa Vista, a instâncias de Manuel Barreto, começando as obras em 1619. Devido à sua modéstia, o edifício não aguentou por muito tempo, vindo a ser reedificada nova igreja, em 1669, sagrada dois anos depois. Em 1684, a igreja foi entregue à Congregação do Oratório de S. Filipe de Néri, tendo-se iniciado a construção, à sua direita, do convento principal, por diversas vezes ampliado até ao momento do seu abandono, ocorrido em 1834.

Primeiro convento recolecto da custódia de S. Tomé, fundado pelo arcebispo de Goa, D. Gaspar de Leão Pereira, em 1567 e inaugurado a 31 de Outubro de 1569. Tornou-se, desde 1622, cabeça da Província da Madre de Deus, até à respectiva supressão, ocorrida em 1835.

Convento fundado por iniciativa de João Garcês, fidalgo da casa de D. João II, e de sua mulher D. Leonor de Abreu que, em 1526,solicitaram ao capítulo geral da congregação que aceitasse os bens por eles doados para a construção de um convento em Arraiolos, sob a invocaçãode Nossa Senhora da Assunção. Contando também com a generosidade dos duques de Bragança e dos infantes Cardeal D. Henrique e D. Luís, acomunidade pôde instalar-se no novo edifício conventual logo em 1532, embora as obras se prolongassem até 1592. A reitoria da casa recebeutambém a administração dos hospitais de Arraiolos e do Vimieiro, que manteve até à extinção do convento, ocorrida em 1834. Convento fundado por iniciativa de João Garcês, fidalgo dacasa de D. João II, e de sua mulher D. Leonor de Abreu que, em 1526, solicitaram ao capítulo geral da congregação que aceitasse os bens por elesdoados para a construção de um convento em Arraiolos, sob a invocaçãode Nossa Senhora da Assunção. Contando também com a generosidadedos duques de Bragança e dos infantes Cardeal D. Henrique e D. Luís, acomunidade pôde instalar-se no novo edifício conventual logo em 1532,embora as obras se prolongassem até 1592. A reitoria da casa recebeutambém a administração dos hospitais de Arraiolos e do Vimieiro, quemanteve até à extinção do convento, ocorrida em 1834.

Convento fundado por volta de 1512, junto a uma pequena igreja já existente, dedicada a Nossa Senhora da Graça, entregue aos agostinhos por D. Afonso de Portugal, bispo de Évora, em 1520. As obras iniciar-se-iam de imediato, com o apoio dos monarcas, dos prelados eborenses e de importantes membros da nobreza, entre os quais D. Francisco de Portugal, 1.o Conde do Vimioso, que receberia o padroado da igreja conventual, já concluída em 1540, e na qual faria colocar o seu próprio túmulo. Convento extinto em 1834.

Convento fundado junto a igreja dedicada a Nossa Senhora do Alcance, cedida aos clérigos da Tomina em 1717, segundo a licença régia então emitida, retirando-a assim da anterior alçada dos Agostinhos Descalços. Extinto em 1834.

Convento que começa como oratório, situado na Ribeira, junto ao Vale de Mourão ou de Mourol, instituído por Afonso Domingues, escrivão dos hospitais na vila de Santarém com o auxílio de Vasco Esteves, tomando por padroeira Santa Catarina, virgem e mártir. A 8 de Junho de 1422, Afonso Domingues ordena os estatutos que aí se deviam guardar e, com esta condição, entrega o oratório a quatro homens devotos, com os quais se recolhe para servirem a Deus. O oratório era, assim, fundado para homens da pobre vida. Em 1 de Setembro de 1451, D. Afonso V entrega a administração do oratório a um certo “Gil pobre”, assim como os anteriores pobres o tinham. Quando vaga para a coroa, recolhem-se nele terceiros seculares, que pedem ao rei para aí fundar um convento que fosse cabeça da sua província, o que lhes é concedido por carta de 23 de Novembro de 1470. Até 1588 é sede da Província. Durante uma visitação realizada entre 1587-88, aos conventos da Ordem pelo abade geral de Alcobaça, o convento tinha vinte e seis frades. Em 1617, com a construção de um outro convento de terceiros regulares, no interior da vila de Santarém (convento de Nossa Senhora de Jesus de Santarém), o primitivo convento de Santa Catarina é transformado em Colégio.

Convento fundado em 1556, junto ao lugar de Vale de Figueira, por D. Manuel de Portugal, filho do 1.º Conde de Vimioso, em terrenos da sua quinta, sendo custódio Frei João de Águila. O filho do fundador e padroeiro, D. Henrique de Portugal, e sua mulher, Dona Ana de Ataíde, devido à insalubridade do local, mudam o convento para outro sítio, não muito longe do primeiro e contíguo às nobres casas da quinta. A primeira pedra da igreja foi lançada em Outubro de 1623. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1537, fora dos muros da localidade. A capela-mor é construída a expensas do almirante do reino e senhor de Juromenha. Recebe também esmolas de D. João III e de alguns populares. Os frades vivem no convento cento e vinte e cinco anos, tendo então passado para um novo edifício, em 1662, durante o provincialato de Frei Francisco de Serpa. Extinto em 1834.