Os confrades eram dignidades e cónegos do cabido, bacharéis, capelães, raçoeiros e leigos. Uma vez que era composta por cónegos e que não se conhece muito do seu funcionamento, foi considerada um subfundo Cabido da Sé.

Congregação fundada na dependência da Província de Portugal a partir do envio, em 1572, de um primeiro grupo de doze missionários, que nesse mesmo ano efectuariam as primeiras fundações, ainda provisórias, em Ormuz e Goa. As fundações multiplicar-se-iam rapidamente, a par da intensificação e expansão da actividade missionária dos Agosti- nhos, quer na costa oriental africana, quer em toda a costa do Índico e no Extremo Oriente. A Congregação seria extinta em 1834, com a concomitante extinção, em Portugal, das ordens religiosas.

Congregação ratificada pelo Capítulo Geral da Ordem em 1551, enquanto agrupamento provisório e extra-constitucional de conventos, sujeito ao provincial de Portugal. Receberia os seus estatutos em1580 da mão do mestre-geral Paulo Constabile. Teve uma significativa expansão após este período, com diversas fundações (Goa, Chaul, Cochim, entre outras) que rapidamente se tornaram importantes centros de vida espiritual e intelectual e de irradiação missionária.

Congregação formalmente instituída pelo papa Paulo IV em 1556, na linha da reforma dos cónegos regrantes portugueses iniciada por Frei Brás de Barros em 1527, que para os mesmos elaborara constituições próprias em 1539. Nesta Congregação se reuniriam paulatinamente todas as canónicas portuguesas.

Reconhecida pela bula Pastoralis Officiis, de 26 de Outubro de1567 e definitivamente aceite por D. Sebastião nesse mesmo ano, a Congregação tinha a sua cabeça em Santa Maria de Alcobaça, reunindo sob a sua jurisdição os mosteiros cistercienses sedeados em território português.

Embora conhecida anteriormente, é a partir de finais do séc. XI, no âmbito da reforma gregoriana, que a Regra de S. Bento setende a impor como única regra observada por muitos mosteiros, num quadro de plena autonomia de cada casa, sob a direcção do superior escolhido pela comunidade. O amplo movimento de adesão à Regra Beneditina, mediado pela Ordem de Cluny e apoiado pela Santa Sé, atingirá sobretudo numerosos mosteiros do Norte do país, tendendo outros a optar pelo modelo canonical, na sujeição à Regra de Santo Agostinho. Os séculos finais da Idade Média serão marcados por um acentuado relaxamento na vivência monástica, agravado pelo sistema comendatário, que diversas tentativas de reforma, como a protagonizada por Frei João Álvares em Paço de Sousa, ou os projectos frustrados de introdução da observância por meio de D. Gomes de Florença, não conseguirão travar. A reforma acontecerá já no século XVI, muito por influência do exemplo espanhol, culminando com a constituição canónica da Congregação de S. Bento de Portugal, ratificada pela Santa Sé em 1567. O primeiro Capítulo Geral seria celebrado em 1570, no mosteiro de Tibães, doravante cabeça da Congregação portuguesa, e os abades passavam a ser eleitos no mesmo capítulo com um mandato trienal. Este sistema manter-se-ia até à extinção das casas da Congregação, ocorrida em 1834.