Convento fundado em 1572, manteve-se em instalações provisórias até à construção de um edifício mais grandioso, cuja primeira pedra foi lançada a 9 de Setembro de 1597. Aí teve a sua sede o vigário provincial e o governo da Congregação da Índia Oriental. Albergando inicialmente uma escola de estudos teológicos, esta transitaria para o anexo Colégio de Santo Agostinho ou de Nossa Senhora do Pópulo, fundado em 1602 e onde se ministravam os estudos primários, latim, teologia e filosofia. Extinto em 1834, encontrando-se actualmente em ruínas.

Convento fundado junto à ermida de Nossa Senhora da Luz, por determinação do rei João III, após uma primeira licença pontifícia dada a 18 de Fevereiro de 1544. Contudo, só por bula de Paulo IV datada de 26 de Maio de 1555 se confirmaria, não apenas a nova fundação como a transferência da tutela do santuário da esfera da Ordem de Cister para a de Cristo. Os freires de Cristo, a habitar em instalações provisórias junto ao templo desde 1545, passariam para o novo convento em 1559. Fruto do empenho da Infanta D. Maria, filha do rei Manuel I, foi iniciada, em 1575, a construção de um novo e grandioso santuário para albergar a imagem da Senhora da Luz, com projecto do arquitecto Jerónimo de Ruão, que seria concluído em 1596, já após a morte da sua benfeitora, cujos restos mortais aí se recolheriam no ano seguinte. Duramente afectado pelo terramoto de 1755, o templo seria alvo de significativas reconstruções e alterações, incluindo a actual fachada a nascente, concluída em 1870. Também o convento sofreria bastante com o terramoto de 1755, não estando ainda concluídas todas as obras quando a extinção de 1834 provocou o desaparecimento da comunidade monástica.

Convento fundado junto a uma anterior ermida, dedicada a Nossa Senhora da Penha de França, entregue aos agostinhos em 1603. Foi construída uma igreja maior, com risco de Teodósio de Frias, e edificado o convento, que sofreria importantes ampliações em 1754. O terramoto de 1755 afectaria duramente o convento e a igreja, cuja reconstrução só se concluiria em 1785. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1540, nas proximidades de Vila Verde, num vale junto à Serra de Montejunto, como casa observante, por iniciativa de D. Pedro de Noronha, senhor de Vila Verde, numa sua quinta de recreio. Aí fica sepultado, em campa rasa, na capela-mor. O convento é, de início, doado aos franciscanos da Ordem Terceira e só depois passa à Província dos Algarves. Extinto em 1834.

Fundação ocorrida em 1669, com o apoio de Fr. José de Santa Teresa e do fidalgo eborense António Luís Ribeiro, que doa, para o efeito, a sua quinta da Malagueira, situada no termo da cidade. Por determinação do Pe. Fr. Manuel da Conceição, a comunidade de religiosos instala-se provisoriamente em casas do bacharel da Sé, Diogo Conforte Correia, até transitar para o novo convento, em 1670, instalado nos paços dos senhores de Bobadela, na Rua do Raimundo, entretanto adquiridos graças ao beneplácito da rainha. As obras estender-se-iam ao longo de todo o resto da centúria, sendo a igreja aberta ao culto em 1698. O convento foi extinto em 1834.

Convento fundado pelo padre Manuel de Jesus Maria, a 5 quilómetros de Moura, onde, por volta de 1677, inicia um período de vida eremítica. Ordenado presbítero em 1683, viria a reunir uma pequena comunidade junto à ermida de Nossa Senhora das Necessidades, entretanto erigida. Com o apoio do rei Pedro II, viria a obter a ratificação pontifícia dos estatutos da Congregação em 1709. Cabeça da Congregação, o convento seria reconstruído em 1722, após a morte do fundador. Extinto em 1834.

A fundação do convento, pelos terceiros franciscanos, está associada à tomada de posse das casas onde primeiro se instala a comunidade, em 1595, no provincialato de Frei Paulo da Maia. Os primeiros frades servem-se de uma ermida dedicada à Virgem Mãe de Deus que lhes fora doada até que, em 1615, conseguem lançar a primeira pedra da nova igreja, onde se celebra, pela primeira vez, oito anos depois. No século XVIII funcionava, no convento, o noviciado da Ordem e a sede da Província dos Terceiros franciscanos, em Portugal. O terramoto de 1755 provoca-lhe graves danos e a morte de dois dos seus frades. Nele viveu, entre muitos homens de fama e envergadura, Frei Manuel do Cenáculo (1724-1814), ministro provincial de 1768 a 1770 e pedagogo. Com a extinção em 1834, vê os seus tesouros (biblioteca e obras de arte) serem entregues à Academia Real das Ciências.

Convento fundado junto a igreja dedicada a Nossa Senhora do Alcance, cedida aos clérigos da Tomina em 1717, segundo a licença régia então emitida, retirando-a assim da anterior alçada dos Agostinhos Descalços. Extinto em 1834.

Convento fundado em 1531 junto à ermida de S. Tomé, no termo de Évora, de acordo com licença obtida por D. Frei Baltasar Limpo do cardeal-infante D. Afonso, administrador do arcebispado. As terras destinadas à construção do convento seriam doadas à Ordem pela edilidade eborense em 1535, doação confirmada ainda nesse mesmo ano por D. João III e alargada pela rainha D. Catarina em 1538. Em 1663, por ocasião do assalto dos exércitos castelhanos de D. João de Áustria à cidade de Évora, o convento foi incendiado e os frades transferidos para o Paço Brigantino de Évora, doado aos carmelitas por D. Afonso VI em 1665. A igreja conventual, iniciada em 1670, seria sagrada em 1691. Convento extinto em 1834.
O convento de São Tomé de Évora é geralmente designado por convento do Carmo devido ao facto de ter pertencido a esta ordem.

Também denominado de Nossa Senhora da Porciúncula ou de São Francisco, foi fundado em 1592 e começado a construir a expensas de D. Pedro de Anaia, em 1593. Em 1669, um violento ataque lançado sobre a cidade por árabes de Muscate inflige pesados danos no edifício conventual e destrói por completo a respectiva igreja, obrigando a significativas obras no convento e à total reconstrução do templo. Foi suprimido em 1835, em cumprimento do decreto de extinção das ordens de 28 de Maio de 1834.