A Universidade de Évora foi fundada em 1559 pelo Cardeal D. Henrique e extinta no ano de 1759 pelo Marquês de Pombal.

Embora a vontade de criar uma Universidade no Alentejo venha já do tempo de D. Manuel I, foi o Cardeal D. Henrique que levou a cabo tal empresa.

O Papa Paulo IV, através da "Bula Erecçam da Vniversidade. Anno 1558", autoriza a criação de uma Universidade em Évora sob a direção e administração da Companhia de Jesus; e a "Bula Cum a Nobis", de abril de 1559, institui a nova Universidade. Inaugurada oficialmente em 1 de novembro de 1559, o Bispo de Targa, em representação do Cardeal D. Henrique, toma posse da nova Universidade e entrega-a à Companhia de Jesus.

Em 8 de fevereiro de 1759, no reinado de D. José I e por ordem do Marquês de Pombal, cessa toda a atividade académica, que coincide com a expulsão dos Jesuítas.

Após a extinção da Companhia de Jesus e o encerramento da Universidade de Évora, foram então, por Carta de Doação Régia de D. José I, de 4 de julho de 1774, entregues à Universidade de Coimbra os bens da Companhia de Jesus e os diversos cartórios que esta possuía na Universidade de Évora.

A refundação da Universidade de Évora dá-se em 1973 por decreto do, então, ministro da Educação José Veiga Simão. Cria-se o Instituto Universitário de Évora no mesmo local onde a antiga Universidade fora fechada. Pelo Decreto-Lei n.º 513/75, de 20 de setembro, é criada a Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça, visando substituir o Instituto Superior Económico e Social de Évora - fundado em 1964 por iniciativa da Companhia de Jesus e da Fundação Eugénio de Almeida, que suspendeu as atividades letivas na sequência do 25 de abril de 1974. Em 1976 ocorre a extinção da Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça e a subsequente integração dos seus alunos no recém criado Departamento de Economia do Instituto Universitário de Évora.

Em 1979, o Instituto Universitário de Évora dá lugar à nova Universidade de Évora e pelo Decreto-Lei n.º 174/86, de 1 de julho, são publicados os primeiros estatutos da Universidade de Évora.

Administrada pelo cabido quando não existia bispo. A especificidade e a quantidade de documentação referente a esta administração determinou a sua constituição em subfundo do cabido. Todavia, por vezes, em alguns documentos do cabido existem registos conjuntos referentes quer ao cabido, quer à mitra. Esses casos foram assinalados na documentação do cabido.

Os confrades eram dignidades e cónegos do cabido, bacharéis, capelães, raçoeiros e leigos. Uma vez que era composta por cónegos e que não se conhece muito do seu funcionamento, foi considerada um subfundo Cabido da Sé.

Casa edificada entre 1585 e 1589, de acordo com o plano estabelecido pelo provincial Alessandro Valigniano, sendo a respectiva igreja iniciada em 1594, à custa dos legados do capitão de Ormuz e Cochim D. Jerónimo de Mascarenhas, e sagrada por D. Frei Aleixo de Meneses em Maio de 1605. O templo alberga, entre outras, a capela de S. Francisco Xavier, concluída em 1659, ano da transladação do corpo do santo, com a magnífica caixa de prata feita por artistas goeses, que encerra os restos mortais do Apóstolo do Oriente, e o monumento onde esta assenta, oferecido pelo grão-duque da Toscana Cosimo III Medice e executado pelo marmorista florentino Giovanni Battista Foggini, por volta de 1697. O edifício conventual, de três pisos, foi vítima de dois incêndios, um em 1663 e outro em 1781, mas as reconstruções parecem ter respeitado o essencial da traça primitiva. As últimas grandes obras de engrandecimento desta casa tiveram lugar em 1890, por ocasião das festas xavierianas.

Fundado em 1542 por Simão Rodrigues, com o apoio do rei João III. Por carta régia de 5 de Setembro de 1561, foi incorporado, juntamente com o Colégio das Artes, na Universidade de Coimbra, passando todos os seus membros e servidores a usufruir dos privilégios e liberdades outorgados a esta instituição. Albergados provisoriamente numa casa situada na Rua Couraça dos Apóstolos, deu-se início ao edifício definitivo a 14 de Abril de 1547, que incluía uma igreja dedicada ao Santíssimo Nome de Jesus, sagrada a 31 de Julho de 1698. As obras do Colégio prolongar-se-iam ainda durante o primeiro quartel do século XVIII. Com a expulsão dos Jesuítas, em 1759, o Colégio ficou abandonado durante alguns anos, sendo, em 1772, confiado ao bispo e cabido da Sé de Coimbra. A igreja seria convertida em catedral e parte do colégio seria cedido à Universidade para a instalação das Faculdades de Medicina e Filosofia. Após 1910, todo o Colégio foi confiado à Universidade, com exclusão da igreja, torres dos sinos, claustro, sacristia e algumas dependências desta, mantidos em posse da diocese.

Colégio fundado pelo Cardeal D. Henrique que, logo em 1550, adquire, para a sua construção, umas primeiras terras junto ao termo leste das muralhas de Évora. Os jesuítas, chegados à cidade logo em 1551, ficariam instalados no Convento das Maltezas (transferidas para Estremoz) e, num segundo momento, no Palácio Real de S. Francisco, onde deram início aos Estudos Superiores, a 28 de Agosto de 1553. Transitariam para o novo Colégio em Dezembro de 1554, onde se fundaria a Universidade, solenemente inaugurada a 1 de Novembro de 1559, após obtidas as necessárias licenças do papa Paulo III (bulas de 28 de Setembro de 1558 e 15 de Abril de 1559). Com a expulsão dos Jesuítas, a Universidade foi encerrada e o edifício entregue aos frades da Ordem Terceirade S. Francisco a 29 de Julho de 1776, que nele se mantiveram até à extinção das ordens religiosas, em 1834.