Fundada em 1553, em casas situadas junto a uma ermida dedicada a S. Roque, que remontava a 1506. Em 1565, iniciou-se a construção de uma nova igreja, mais ampla e de uma só nave, obra de Afonso Álvares e Baltasar Álvares. Aberta ao culto em 1573, sofreu significativos melhoramentos e investimentos artísticos ao longo dos séculos XVII e XVIII. Nesta igreja tinha sede a Congregação de Nossa Senhora da Doutrina, aí fundada a 19 de Julho de 1612, para oficiais mecânicos, com o fim de dar assistência aos doentes e aos órfãos.

Congregação fundada em 1682 pelo padre Pascoal da C. Jeremias e outros eclesiásticos da casta brâmane. Adoptaram os estatutos do Oratório de Lisboa. Além das missões desenvolvidas nas províncias das Ilhas, Bardez e Salsete, desenvolveram também importante actividade no Canará e Ceilão. Após a expulsão dos Jesuítas, desempenharam intensa actividade como mestres dos seminários diocesanos de Chorão, Rachol e Bom Jesus.

Colégio fundado em 1543 por D. João III e confiado ao reformador Frei Luís de Montoya, que assegurou o seu governo nos primeiros anos de actividade. Beneficiando da protecção e prodigalidade régias, que lhe garantiram as rendas necessárias à sua sustentação e à construção das suas dependências, teve o concurso de importantes figuras da elite artística de então, entre os quais Diogo de Castilho, responsável pelo projecto da respectiva igreja, concluída em 1555. Extinto em 1834.

Fundado em 1578, após a aprovação da Congregação Portuguesa,sob a protecção e assistência económica do cardeal-infante D. Henrique, incluía as cátedras de Filosofia e Teologia. A este colégio foram anexados, em 1593, os bens do mosteiro de Montemuro. Extinto em 1834.

A comunidade de Santa Marta foi fundada em 1490 e transferiu-se para o convento de Santa Catarina de Sena em 1547.
Ligado à memória da comunidade de mulheres da pobre vida instalada em Santa Marta no século XV, que acabaria por se integrar no convento dominicano de Santa Catarina de Sena, o recolhimento seria fundado nas casas do primitivo beatério, após a sua aquisição por Ana de S. José em 1650. Apesar do projecto original se dirigir à fundação de um mosteiro de carmelitas descalças, o insucesso de tais pretensões acabaria por levar à erecção de um recolhimento, destinado a mulheres virtuosas, solteiras e casadas, sob a regra carmelita e na dependência do prelado diocesano. Situado junto à igreja de Santa Marta, sofreria a concorrência da Irmandade das Almas, de clérigos seculares, instalada no mesmo templo desde 1660. Após a extinção das ordens religiosas, o Recolhimento, secularizado, seria vendido em hasta pública, conservando-se a igreja e salas consistoriais da Irmandade das Almas na posse da mesma corporação eclesiástica.

Congregação fundada na dependência da Província de Portugal a partir do envio, em 1572, de um primeiro grupo de doze missionários, que nesse mesmo ano efectuariam as primeiras fundações, ainda provisórias, em Ormuz e Goa. As fundações multiplicar-se-iam rapidamente, a par da intensificação e expansão da actividade missionária dos Agosti- nhos, quer na costa oriental africana, quer em toda a costa do Índico e no Extremo Oriente. A Congregação seria extinta em 1834, com a concomitante extinção, em Portugal, das ordens religiosas.

Congregação fundada em 1697, por iniciativa do arcebispo de Évora D. Fr. Luís Teles da Silva que, para o efeito, comprou aos Duques do Cadaval um palácio no rossio da vila. A Congregação teve como primeiro propósito o Padre Manuel de Sousa. Na casa ministraram-se, desde 1704, aulas públicas de Filosofia, Teologia e Moral. Extinta em 1834.

Congregação fundada pelo Pe. Bartolomeu do Quental, capelão, pregador e confessor da casa real, em 1668. À primeira casa, em Lisboa, seguir-se-iam outras fundações em Freixo de Espada à Cinta (1673), Porto (1680), Braga (1686), Viseu (1688) e Estremoz (1697). Após a expulsão dos Jesuítas, os Oratorianos passariam a assegurar muitas das tarefas pedagógicas anteriormente assumidas pelos discípulos de Santo Inácio. Apesar da sua expansão nas províncias ultramarinas, os Oratorianos mantiveram sempre a plena autonomia de cada casa, desde o momento da sua criação até ao seu governo, assegurado por um prepósito eleito pelo conjunto dos irmãos da casa por um período em regra trienal. A Congregação foi extinta em 1834.

Convento já em construção em 1208, junto a uma ermida dedicada a Santa Maria dos Santos. Apoiados pelo rei Sancho I, os frades acolheram-se junto ao paço régio enquanto decorreram as obras. Com a morte do monarca, as obras arrastaram-se e só em 1284 se iniciou a construção da nova igreja. Juntamente com o convento, foi fundado um hospital para receber cativos resgatados e outros pobres ou peregrinos. Duramente afectada pelo sismo de 1526, a igreja foi reedificada por determinação do rei João III e o convento sofreu então importantes obras de ampliação. Contudo, em 1703, o estado de ruína da igreja levou à sua completa reconstrução, concluída em 1740. Extinto em 1834, o convento seria demolido, bem como a respectiva igreja, em 1955, restando da mesma apenas uma esbelta torre setecentista.

Convento fundado em 1630, em virtude do cumprimento de verba testamentária da infanta D. Maria, filha do rei Manuel I que, em 1577, deixara determinado que à custa das suas rendas se fundasse em Lisboa um mosteiro de religiosas de S. Bento, com capacidade para 63 freiras. Embora o mosteiro fosse efectivamente ocupado pelas primeiras religiosas a 15 de Setembro de 1630, só a partir de 1642, graças a licença outorgada pelo papa Paulo V e ratificada pelo rei João IV, a casa passaria efectivamente a pertencer à Ordem de Avis, mantendo a invocação de Nossa Senhora da Encarnação, em cumprimento da vontade expressa pela sua instituidora. Seria alvo de importantes obras de reconstrução após um incêndio que afectou o edifício em 1734 e na sequência dos graves danos provocados pelo terramoto de 1755. Após a extinção das ordens religiosas masculinas, o convento foi-se reduzindo a recolhimento, funções que continuaria a manter mesmo após a supressão da Chancelaria da Ordem de Avis, em 1934.