Os dados disponíveis ligam a sua entrada em Portugal aos padres que a Ordem havia enviado para a Índia em 1640. Impedidos, por decreto real, de se manterem em terras do padroado português, dado serem estrangeiros, os teatinos italianos estantes em Goa regressam à Europa. Um deles, D. Adizzone Spínola, dirigindo-se à Corte portugue- sa, obterá do rei D. João IV, em 1648, licença para se instalarem em Lisboa e continuarem o seu trabalho em Goa. Por alvará de 12 de Dezembro de 1650, os teatinos instalam-se em Lisboa, em casa alugada, às Portas de Santa Catarina, onde permanecerão até Junho de 1653. Nessa data, transitam para a Casa de Nossa Senhora da Divina Providência, no Bairro Alto, benzida por D. Ardizzone Spínola em Setembro seguinte. Esta manter-se-ia como a única casa da Ordem até à sua extinção em Portugal, em 1834. Além do seu importante papel como ponte com o trabalho missionário desenvolvido pela Ordem em Goa, alguns nomes de vulto se ligam a esta casa religiosa, como D. Rafael Bluteau, D. Manuel Caetano de Sousa ou D. Manuel Contador de Argote.

Fundada em 1553, em casas situadas junto a uma ermida dedicada a S. Roque, que remontava a 1506. Em 1565, iniciou-se a construção de uma nova igreja, mais ampla e de uma só nave, obra de Afonso Álvares e Baltasar Álvares. Aberta ao culto em 1573, sofreu significativos melhoramentos e investimentos artísticos ao longo dos séculos XVII e XVIII. Nesta igreja tinha sede a Congregação de Nossa Senhora da Doutrina, aí fundada a 19 de Julho de 1612, para oficiais mecânicos, com o fim de dar assistência aos doentes e aos órfãos.

Casa edificada entre 1585 e 1589, de acordo com o plano estabelecido pelo provincial Alessandro Valigniano, sendo a respectiva igreja iniciada em 1594, à custa dos legados do capitão de Ormuz e Cochim D. Jerónimo de Mascarenhas, e sagrada por D. Frei Aleixo de Meneses em Maio de 1605. O templo alberga, entre outras, a capela de S. Francisco Xavier, concluída em 1659, ano da transladação do corpo do santo, com a magnífica caixa de prata feita por artistas goeses, que encerra os restos mortais do Apóstolo do Oriente, e o monumento onde esta assenta, oferecido pelo grão-duque da Toscana Cosimo III Medice e executado pelo marmorista florentino Giovanni Battista Foggini, por volta de 1697. O edifício conventual, de três pisos, foi vítima de dois incêndios, um em 1663 e outro em 1781, mas as reconstruções parecem ter respeitado o essencial da traça primitiva. As últimas grandes obras de engrandecimento desta casa tiveram lugar em 1890, por ocasião das festas xavierianas.

Congregação fundada em 1682 pelo padre Pascoal da C. Jeremias e outros eclesiásticos da casta brâmane. Adoptaram os estatutos do Oratório de Lisboa. Além das missões desenvolvidas nas províncias das Ilhas, Bardez e Salsete, desenvolveram também importante actividade no Canará e Ceilão. Após a expulsão dos Jesuítas, desempenharam intensa actividade como mestres dos seminários diocesanos de Chorão, Rachol e Bom Jesus.

A actividade missionária dos Jesuítas no Brasil remonta a 1549, com a chegada de um grupo de seis religiosos liderado pelo Pe. Manuel da Nóbrega, fundando, logo nesse ano, uma primeira casa da Companhia na cidade do Salvador da Baía, a sede do governo-geral português no Brasil e logrando, logo em 1553, a elevação do Brasil a província independente. Desta se autonomizaria a vice-província do Maranhão e Grã-Pará em 1727.

Colégio fundado sob o patrocínio de D. Francisca de Brito Sacoto e de seu marido, o desembargador Heitor de Pina, cavaleiro-fidalgo da Casa Real, que, tendo obtido de Clemente VIII, a 7 de Agosto de 1595, a bula autorizando a respectiva fundação, compram os terrenos para o efeito e suportam as obras que de imediato se iniciaram. O Colégio pôde assim ser habitado logo a partir de Dezembro de 1608. Os Estatutos do novo edifício, aprovados a 18 de Maio de 1607, colocavam o Colégio na dependência simultânea do Ordinário e da Companhia de Jesus. Com a expulsão dos Jesuítas em 1759, o imóvel passou para a posse da Coroa, que o vendeu em hasta pública.

Fundado em 1542 por Simão Rodrigues, com o apoio do rei João III. Por carta régia de 5 de Setembro de 1561, foi incorporado, juntamente com o Colégio das Artes, na Universidade de Coimbra, passando todos os seus membros e servidores a usufruir dos privilégios e liberdades outorgados a esta instituição. Albergados provisoriamente numa casa situada na Rua Couraça dos Apóstolos, deu-se início ao edifício definitivo a 14 de Abril de 1547, que incluía uma igreja dedicada ao Santíssimo Nome de Jesus, sagrada a 31 de Julho de 1698. As obras do Colégio prolongar-se-iam ainda durante o primeiro quartel do século XVIII. Com a expulsão dos Jesuítas, em 1759, o Colégio ficou abandonado durante alguns anos, sendo, em 1772, confiado ao bispo e cabido da Sé de Coimbra. A igreja seria convertida em catedral e parte do colégio seria cedido à Universidade para a instalação das Faculdades de Medicina e Filosofia. Após 1910, todo o Colégio foi confiado à Universidade, com exclusão da igreja, torres dos sinos, claustro, sacristia e algumas dependências desta, mantidos em posse da diocese.

Colégio fundado em 1556, quando um primeiro grupo de freires de Cristo se instalam, provisoriamente, nas casas onde funcionava o Colégio de S. Jerónimo, próximo do castelo. O Colégio assumiria a denominação de Nossa Senhora da Conceição, titular do oratório ou igreja colegial. Em 1560, projecta-se a construção do novo Colégio, em local fora da cidade. O apoio do Cardeal-Infante D. Henrique mostrar-se-ia decisivo para o avanço definitivo da obra, dando-se o lançamento da primeira pedra a 9 de Maio de 1566. O edifício seria finalmente benzido a 17 de Março de 1713. Extinto em 1834, foi totalmente demolido em finais do século XIX.

Colégio fundado em 1543 por D. João III e confiado ao reformador Frei Luís de Montoya, que assegurou o seu governo nos primeiros anos de actividade. Beneficiando da protecção e prodigalidade régias, que lhe garantiram as rendas necessárias à sua sustentação e à construção das suas dependências, teve o concurso de importantes figuras da elite artística de então, entre os quais Diogo de Castilho, responsável pelo projecto da respectiva igreja, concluída em 1555. Extinto em 1834.

Colégio construído a expensas da herança de João Gomes Pinto,chantre da Sé de Coimbra († 1703), com estudo de Teologia para os frades da Ordem e de Teologia Moral aberto a externos.