Mosteiro fundado por iniciativa do infante D. Fernando, irmão de D. Afonso V, e de sua mulher D. Beatriz, primeiros duques de Beja e pais de D. Manuel, junto ao Palácio dos Infantes, no centro da cidade, a partir de um recolhimento de terceiras seculares (mantelatas) ou, segundo Frei Manuel de São Caetano Damásio, de um grupo de emparedadas (1459). A licença para a sua instituição é dada por dois breves de Pio II, de 1459. Em 1463, já as terceiras tinham feito profissão na Ordem de Santa Clara e, em 1469, encontrava-se praticamente concluído o mostei- ro, que recebia a invocação de Nossa Senhora da Conceição de Maria Santíssima e a regra urbanista, como está patente na bula de 21 de Dezembro desse ano, dada pelo papa Paulo II. A infanta D. Beatriz iniciaria, simultaneamente, o processo para tentar vincular a comunidade à direcção dos franciscanos observantes. Mas, em 1473, os observantes franciscanos recusam esta proposta. Só em 1482 aceitam este encargo, recebendo da duquesa de Beja o compromisso de edificar um oratório para os frades, que incluiria a igreja e outras dependências. Apenas em 1489, como resultado de uma intervenção pontifícia, começam os observantes a habitar o oratório de Santo António de Beja, dando orientação e assistência espiritual às clarissas. É a primeira comunidade a passar à observância, mas não chega a adoptar a Primeira Regra de Santa Clara, como tinha sido propósito dos fundadores. Em 1461 e 1483-4 recebem, respectivamente, o oratório de Santa Vitória e a igreja de Belas, na diocese de Lisboa. O apoio da duquesa de Beja leva a que em 1505, apesar da direcção observante, o convento se tenha tornado em panteão da família ducal. Em 1533, passam à obediência da Província dos Algarves. Extinto em 1892, por morte da última religiosa.