Após a chegada dos primeiros franciscanos à Índia, logo em 1500, foi criado, em 1518, um Comissariado, dependente da Província Observante de Portugal, transformado em Custódia em 1542, sob a invocação do apóstolo S. Tomé e ainda na dependência da Província portuguesa. Apesar de tentativas anteriores e de documentos pontifícios determinando a sua elevação a Província, a custódia só seria erecta como tal em 1619. Foi suprimida em 1835, em cumprimento do decreto de extinção das ordens de 28 de Maio de 1834.

Desconhecida. Apenas se supõe que funcionou no edifício da Misericórdia na Rua Padre Luís António da Cruz e que há registo de funcionamento entre 1943 e 1973.

Fundado em 1751, junto a uma capela pertencente a um certo Manuel Colaço. O respectivo superior, entretanto nomeado como guardião, integraria, já em 1760, o conjunto dos frades com direito a participar no Capítulo Provincial. Foi suprimido em 1835, em cumprimento do decreto de extinção das ordens de 28 de Maio de 1834.

Erecta na Igreja Matriz de Viana do Alentejo

Instituída pelo bispo D. Diogo Correia. Os estatutos datam de 1611. Em 1730 o reitor era o bispo, mas esse facto verificava-se por acumulação de funções. A documentação disponível atinge o ano de 1767.

Mosteiro fundado em 1562 por D. Ângela de Moura na própria casa onde nascera. Por se situar no interior da cerca do castelo e junto à igreja matriz, esta dedicada a Santa Maria e edificada sobre a antiga mesquita da vila, o novo mosteiro acabaria por integrar este templo, convertendo-o no espaço de culto da comunidade. Realizadas as necessárias obras, nele entrariam as monjas em Outubro de 1566, oriundas, na sua maioria e tal como a fundadora, do mosteiro do Paraíso de Évora. Duramente afectado pelo terramoto de 1755, o cenóbio sofreria importantes obras de reconstrução, sendo extinto em 1875, com a morte da última religiosa.

Mosteiro fundado a instâncias da rainha D. Luísa de Gusmão que obteve, em 1663, a ratificação da fundação por parte do Geral da Ordem. Adaptado a partir de um anterior palácio doado para o efeito pela rainha, o cenóbio receberia o primeiro grupo de religiosas no ano seguinte, oriundas do mosteiro agostinho de Santa Mónica de Lisboa. Extinto cerca de 1890, foi posteriormente demolido.

Mosteiro fundado em 1555, a partir da junção de dois recolhimentos de terceiras. O primeiro, dedicado a Santo António, tem início em 1516, junto a uma capela com esta invocação, sendo sua fundadora Leonor Pires, que reunira outras mulheres, entre elas Joana da Cruz, Sebastiana Dias e Margarida da Conceição. Por morte de Leonor Pires, o provincial dos claustrais, Frei Domingos Mestre, em 1522, procede à eleição da nova superiora. O outro recolhimento, com a invocação da Esperança, situado junto às muralhas da vila, é iniciado por Isabel Cheirinha, que deixa, por sua morte, as casas onde residia a duas mulheres terceiraschamadas Isabel Medeira e Isabel Rodrigues. Após alguns anos, conseguem a profissão da regra de Santa Clara na obediência dos Claustrais. A união é efectuada por licença apostólica de Júlio III, com a condição de irem para um local diferente, passando assim para o mosteiro que Isabel Fuzeira, mulher nobre de Vila Viçosa, havia principiado para freiras da Ordem da Conceição.Ficando com o título de Nossa Senhora da Esperança, tinha por padroeiros os duques de Bragança. A duquesa D. Isabel deLencastre, mulher do duque D. Teodósio I, doa muitos bens ao convento, de forma a terminar a obra, e aí é sepultada, no coro baixo, onde também estão as cinzas da duquesa D. Leonor de Mendonça, filha de D. João de Gusmão, duque de Medina Sidónia. Encerrado a 1 de Outubro de 1866, por abandono voluntário da derradeira religiosa, a extinção foi acordada a 17 de Novembro domesmo ano e o templo conventual cedido à Ordem Terceira de S. Francisco.

O mosteiro de Santa Ana, ou das Celas da Ponte, foi fundado por D. Miguel Pais, bispo de Coimbra (1162-1176) em local próximo do rio Mondego. Habitado inicialmente por cónegas regrantes de Santo Agostinho, o cenóbio acabaria por ser abandonado em 1561, devido ao assoreamento do rio, acabando as monjas por se instalarem numa quinta em S. Martinho do Bispo, cedida pelo prelado conimbricense. As obras do novo mosteiro iniciar-se-iam em 1600, sob o patrocínio de D. Afonso de Castelo Branco, restaurando-se nele a vida comunitária com a tomada de posse do mesmo pelas monjas em 1610. Terá sido nesta fase de transição que a comunidade passou para a órbita dos Eremitas de Santo Agostinho. A comunidade extinguiu-se em finais do séc. XIX ou inícios da centúria seguinte, dado que o mosteiro seria nacionalizado e adaptado a quartel militar ainda na primeira década do séc. XX.

Fundado em 1606, por iniciativa do arcebispo D. Frei Aleixo de Meneses e colocado sob jurisdição episcopal. Com regra aprovada por Paulo V em 1613, foi constituído mosteiro real em 1633, estando já concluída a sua construção, no essencial, em 1627. Primeiro mosteiro feminino em toda a Ásia, começou por ser uma resposta às dificuldades vividas por muitas viúvas ou filhas de portugueses nobres mortos nas guerras da expansão. Por isso, no seu período inicial, apenas admitia portuguesas e indo-portuguesas, situação que se alterou a partir da segunda metade de Setecentos, com a admissão de mulheres indianas, de pleno direito. Extinto em 1885, com a morte da última religiosa.