Fundado em 1994 , o CIDEHUS começou por designar-se “Centro de Investigação e Desenvolvimento em Ciências Humanas e Sociais”. A sua área disciplinar nuclear era então a Sociologia.

A sua atividade organizava-se em quatro grandes campos:
1) Sociologia do Desenvolvimento;
2) História da Europa do Sul e do Mediterrâneo;
3) Educação e formação profissional;
4) Linguística Geral.

Em 2001 , quando passou a ter na História a sua disciplina nuclear , mudou de designação para Centro Interdisciplinar de História, Culturas e Sociedades . Manteve a mesma sigla (CIDEHUS) e organizou-se em seis linhas:
1) O Sul: dinâmicas sociais e políticas
2) O Sul: culturas, discursos e representações
3) O Sul: património edificado, cultura material e arqueologia
4) Portugal e a Europa
5) Portugal e o Mediterrâneo
6) Portugal e os espaços de presença lusófona

Em 2007 , o CIDEHUS fixou a sua atenção nas problemáticas do Sul , condensando as anteriores linhas em três grupos:
RG1: O Sul e o Mediterrâneo: dinâmicas sociais e culturais
RG2: Património, Cultura Material e Arqueologia no Sul da Europa e no Mediterrâneo
RG3. Bibliotecas, Literacias e Informação no Sul

O programa nuclear foi de novo reajustado em finais de 2013 , configurando-se em torno de: «História, património e mudanças societais: um laboratório do Sul», ramificando-se em duas linhas temáticas, subdivididas em grupos – “L1: Mudanças societais” e “L2: Património e diversidade cultural” – e num grupo de articulação – Literacias e património textual.

O CIDEHUS assumiu então o modelo de laboratório para salientar o seu dinamismo e o seu interesse no conhecimento aplicado .

Em 2018 , o CIDEHUS sofreu uma nova reorganização, passando a dividir-se em apenas dois grupos:
G1 – Mudanças societais
G2 – Património, Literacias e Diversidade cultural.

Com esta alteração, o CIDEHUS pretende reforçar a coesão, estimular o trabalho colaborativo e potenciar as abordagens interdisciplinares.

No passado recente do CIDEHUS, destacam-se ainda os seguintes marcos institucionais:

• 2013 – Criação da Cátedra UNESCO
• 2014 – Criação do Laboratório de Demografia (DemoLab)
• 2016 – Lançamento do CIDEHUS Digital
• 2017 – Criação Laboratório de Turismo (Tourism Creative Lab).

A Fundação Luis de Molina foi constituída a 15 de janeiro de 1996 e extinta no ano de 2021.
A Fundação sediada nas instalações da Universidade de Évora, Largo dos Colegiais, n.º 2, na freguesia e concelho de Évora, foi uma fundação pública de direito privado que se regia pela Lei-Quadro das Fundações e demais legislação aplicável às pessoas coletivas públicas, pelos estatutos próprios e demais regulamentos internos.
A Fundação teve por objeto a promoção da contribuição da Universidade de Évora para o desenvolvimento cultural, científico, tecnológico e económico da comunidade.
Para a concretização do seu objeto, promoverá a cooperação da Universidade de Évora com pessoas singulares ou coletivas, públicas, privadas ou cooperativas, nacionais, estrangeiras ou internacionais, com vista à prossecução dos seus objetivos; apoiará e poderá prosseguir atividades de ensino e de investigação no domínio das artes e das ciências visando o desenvolvimento sustentado; promoverá a difusão dos conhecimentos artísticos, científicos e tecnológicos e apoiará ações de formação, visando a rápida aplicação desses conhecimentos e a valorização cultural e profissional, e ainda apoiará e facilitará o funcionamento de sistemas de prestação de serviços à comunidade por parte da Universidade de Évora.
Os estatutos da Fundação sofreram alterações em 2001-09-25 e em 1997-04-18.

A Universidade de Évora foi fundada em 1559 pelo Cardeal D. Henrique e extinta no ano de 1759 pelo Marquês de Pombal.

Embora a vontade de criar uma Universidade no Alentejo venha já do tempo de D. Manuel I, foi o Cardeal D. Henrique que levou a cabo tal empresa.

O Papa Paulo IV, através da "Bula Erecçam da Vniversidade. Anno 1558", autoriza a criação de uma Universidade em Évora sob a direção e administração da Companhia de Jesus; e a "Bula Cum a Nobis", de abril de 1559, institui a nova Universidade. Inaugurada oficialmente em 1 de novembro de 1559, o Bispo de Targa, em representação do Cardeal D. Henrique, toma posse da nova Universidade e entrega-a à Companhia de Jesus.

Em 8 de fevereiro de 1759, no reinado de D. José I e por ordem do Marquês de Pombal, cessa toda a atividade académica, que coincide com a expulsão dos Jesuítas.

Após a extinção da Companhia de Jesus e o encerramento da Universidade de Évora, foram então, por Carta de Doação Régia de D. José I, de 4 de julho de 1774, entregues à Universidade de Coimbra os bens da Companhia de Jesus e os diversos cartórios que esta possuía na Universidade de Évora.

A refundação da Universidade de Évora dá-se em 1973 por decreto do, então, ministro da Educação José Veiga Simão. Cria-se o Instituto Universitário de Évora no mesmo local onde a antiga Universidade fora fechada. Pelo Decreto-Lei n.º 513/75, de 20 de setembro, é criada a Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça, visando substituir o Instituto Superior Económico e Social de Évora - fundado em 1964 por iniciativa da Companhia de Jesus e da Fundação Eugénio de Almeida, que suspendeu as atividades letivas na sequência do 25 de abril de 1974. Em 1976 ocorre a extinção da Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça e a subsequente integração dos seus alunos no recém criado Departamento de Economia do Instituto Universitário de Évora.

Em 1979, o Instituto Universitário de Évora dá lugar à nova Universidade de Évora e pelo Decreto-Lei n.º 174/86, de 1 de julho, são publicados os primeiros estatutos da Universidade de Évora.