Ainda antes de 1319 foi fundada a albergaria de Santa Maria, primeira instituição da vila com fins assistenciais. As albergarias eram destinadas a acolher os peregrinos, para quem as regras sociais prescreviam que se lhes desse abrigo. Os hospitais eram destinados ao tratamento dos doentes pobres, mas tinham muitas vezes dependências reservadas a peregrinos, ou, se não as tivessem acolhiam-nos nas instalações para doentes. A excepção era feita para os doentes contagiosos, que deviam ser tratados separadamente. Esta albergaria tinha uma capela anexa.
No ano de 1319 foi redigido o compromisso da confraria dos Homens Bons Ovelheiros que passaram a administrar a referida albergaria. As confrarias eram associações de cristãos para a prática da caridade, simbolizada pelas obras de misericórdia. As obras de Misericórdia são catorze, sete corporais e sete espirituais. Obras corporais: 1ª Dar de comer aos famintos; 2ª Dar de beber aos que têm sede; 3ª Cobrir os nus; 4ª Dar pousada aos peregrinos e pobres; 5ª Curar os enfermos; 6ª Remir cativos e visitar os presos; 7ª Enterrar os mortos. Por outro lado, as obras de Misericórdia espirituais são: 1ª Dar bom conselho, a quem o pede; 2º Ensinar os simples; 3ª Castigar com caridade os que erram; 4ª Consolar os tristes desconsolados; 5ª Perdoar a quem nos errou; 6ª Sofrer as injúrias paciência; 7ª Rogar a Deus pelos vivos e pelos mortos. O fim das confrarias era o amor ao próximo, em vida, na altura da morte e após o falecimento. Em vida, atendiam ao “irmão” pobre ou caído na pobreza, quer fosse confrade ou não. Por isso, anexo a elas, geralmente existia um hospital ou uma albergaria destinada a acolher os pobres que vagueavam pelos caminhos ou os peregrinos que se deslocavam a locais de culto religioso. Esta confraria de Viana era designada dos Homens Bons Ovelheiros porque os seus membros eram os homens bons da localidade, ou seja, os mais ricos e poderosos que podiam desempenhar os cargos políticos na câmara e que, neste caso, se dedicavam à actividade económica de criação de gado ovino, numa época e numa região em que a terra e o gado eram as maiores fontes de riqueza e a base da economia. Já em 1462, foi doada à albergaria de Santa Maria, por Afonso Eanes do Crato, a Herdade de Nossa Senhora, hoje Quinta de Santa Maria (mais conhecida por Quinta do Duque). Doação que foi confirmada em 1464 pelo rei D. Afonso V e de onde provinha o maior rendimento que permitia sustentar a albergaria e pôr em prática os seus fins.
Em 1516, no âmbito da rede de assistência social, a nível nacional, promovida pelo rei, foi fundada a Santa Casa da Misericórdia de Viana do Alentejo, no mesmo ano em que D. Manuel atribui à vila o foral de Leitura Nova, ou seja um novo foral, um texto actualizado do foral antigo, presumivelmente atribuído por D. Dinis. As Misericórdias também eram confrarias. Em consequência da sua criação, algures na segunda metade do Século XVI a albergaria Santa Maria, nesta altura também já designada de Hospital de Nossa Senhora da Graça, e a sua capela foram integrados na Santa Casa da Misericórdia. A partir daí o hospital passou a ser conhecido como Hospital da Misericórdia e funcionou sob a sua tutela até à segunda metade do século XX. Após a extinção do hospital funcionou no mesmo edifício o Centro de Saúde local, até este serviço ter sido transferido para construção feita de raiz para o receber, inaugurada nos primeiros anos do século XXI.
Ainda no século XX, em 1908, foi fundado, por testamento de D. Inês Maria Bule, um asilo para cegas designado Asilo Jesus Maria José. Este asilo, que foi inaugurado em 1914, após a morte da testadora, funcionou sempre sob administração da Santa Casa da Misericórdia, de acordo com a vontade da instituidora.
Ao longo do tempo a Misericórdia recebeu outros legados testamentários menos expressivos, mas também com fins assistenciais tais como o de Manuel Lopes (1879), o de Jerónima Maria Camões (1894) e o do Cónego José Ponce Martins Morom (1916) cujos fins eram cumpridos pela Misericórdia a partir da administração dos bens ou rendimentos recebidos.
Já em 1979 foi extinto o Instituto de Piedade e Beneficência cujos bens foram integrados na Santa Casa da Misericórdia.