Colégio fundado pelo Cardeal D. Henrique que, logo em 1550, adquire, para a sua construção, umas primeiras terras junto ao termo leste das muralhas de Évora. Os jesuítas, chegados à cidade logo em 1551, ficariam instalados no Convento das Maltezas (transferidas para Estremoz) e, num segundo momento, no Palácio Real de S. Francisco, onde deram início aos Estudos Superiores, a 28 de Agosto de 1553. Transitariam para o novo Colégio em Dezembro de 1554, onde se fundaria a Universidade, solenemente inaugurada a 1 de Novembro de 1559, após obtidas as necessárias licenças do papa Paulo III (bulas de 28 de Setembro de 1558 e 15 de Abril de 1559). Com a expulsão dos Jesuítas, a Universidade foi encerrada e o edifício entregue aos frades da Ordem Terceirade S. Francisco a 29 de Julho de 1776, que nele se mantiveram até à extinção das ordens religiosas, em 1834.