Fundado em 1542 por Simão Rodrigues, com o apoio do rei João III. Por carta régia de 5 de Setembro de 1561, foi incorporado, juntamente com o Colégio das Artes, na Universidade de Coimbra, passando todos os seus membros e servidores a usufruir dos privilégios e liberdades outorgados a esta instituição. Albergados provisoriamente numa casa situada na Rua Couraça dos Apóstolos, deu-se início ao edifício definitivo a 14 de Abril de 1547, que incluía uma igreja dedicada ao Santíssimo Nome de Jesus, sagrada a 31 de Julho de 1698. As obras do Colégio prolongar-se-iam ainda durante o primeiro quartel do século XVIII. Com a expulsão dos Jesuítas, em 1759, o Colégio ficou abandonado durante alguns anos, sendo, em 1772, confiado ao bispo e cabido da Sé de Coimbra. A igreja seria convertida em catedral e parte do colégio seria cedido à Universidade para a instalação das Faculdades de Medicina e Filosofia. Após 1910, todo o Colégio foi confiado à Universidade, com exclusão da igreja, torres dos sinos, claustro, sacristia e algumas dependências desta, mantidos em posse da diocese.