Convento fundado em 1531 junto à ermida de S. Tomé, no termo de Évora, de acordo com licença obtida por D. Frei Baltasar Limpo do cardeal-infante D. Afonso, administrador do arcebispado. As terras destinadas à construção do convento seriam doadas à Ordem pela edilidade eborense em 1535, doação confirmada ainda nesse mesmo ano por D. João III e alargada pela rainha D. Catarina em 1538. Em 1663, por ocasião do assalto dos exércitos castelhanos de D. João de Áustria à cidade de Évora, o convento foi incendiado e os frades transferidos para o Paço Brigantino de Évora, doado aos carmelitas por D. Afonso VI em 1665. A igreja conventual, iniciada em 1670, seria sagrada em 1691. Convento extinto em 1834.
O convento de São Tomé de Évora é geralmente designado por convento do Carmo devido ao facto de ter pertencido a esta ordem.