Convento fundado em 1630, em virtude do cumprimento de verba testamentária da infanta D. Maria, filha do rei Manuel I que, em 1577, deixara determinado que à custa das suas rendas se fundasse em Lisboa um mosteiro de religiosas de S. Bento, com capacidade para 63 freiras. Embora o mosteiro fosse efectivamente ocupado pelas primeiras religiosas a 15 de Setembro de 1630, só a partir de 1642, graças a licença outorgada pelo papa Paulo V e ratificada pelo rei João IV, a casa passaria efectivamente a pertencer à Ordem de Avis, mantendo a invocação de Nossa Senhora da Encarnação, em cumprimento da vontade expressa pela sua instituidora. Seria alvo de importantes obras de reconstrução após um incêndio que afectou o edifício em 1734 e na sequência dos graves danos provocados pelo terramoto de 1755. Após a extinção das ordens religiosas masculinas, o convento foi-se reduzindo a recolhimento, funções que continuaria a manter mesmo após a supressão da Chancelaria da Ordem de Avis, em 1934.