Fundada em 1553, em casas situadas junto a uma ermida dedicada a S. Roque, que remontava a 1506. Em 1565, iniciou-se a construção de uma nova igreja, mais ampla e de uma só nave, obra de Afonso Álvares e Baltasar Álvares. Aberta ao culto em 1573, sofreu significativos melhoramentos e investimentos artísticos ao longo dos séculos XVII e XVIII. Nesta igreja tinha sede a Congregação de Nossa Senhora da Doutrina, aí fundada a 19 de Julho de 1612, para oficiais mecânicos, com o fim de dar assistência aos doentes e aos órfãos.