Fundado por iniciativa de D. Sancho II, em 1241, num arrabalde da cidade de Lisboa (Campo da Corredoura), teve as suas obras de construção concluídas em 1259. Foi objecto de sucessivas campanhas de reconstrução e ampliação, as primeiras no reinado de D. Manuel I, face aos prejuízos provocados no edifício pelas diversas cheias que o haviam anteriormente atingido, e sobretudo após o terramoto de 1531, que obrigou a uma reconstrução quase total do convento, que se prolongaria até ao início do séc. XVIII. O terramoto de 1755, com o violento incêndio que se lhe sucedeu, afectou duramente a igreja e as dependências conventuais, em grande parte reduzidas a escombros. A intensa campanha de reconstrução que se lhe seguiu prolongar-se-ia até inícios do século XIX, pouco antes da extinção da comunidade em virtude do decreto governamental de 1834. O seu aspecto actual faz memória de um outro incêndio, ocorrido já em 1959, cujas marcas se mantiveram após o restauro recente da igreja. No convento lisboeta funcionou também um estudo geral de Filosofia e Teologia. Dedicado a S. Tomás de Aquino, esse Colégio, fundado em 1517, acabaria por transitar para o Convento da Batalha em 1538 e posteriormente para Coimbra. Junto ao convento existia ainda a famosa ermida de Nossa Senhora da Escada, destino de peregrinações, onde se fundaram importantes confrarias ligadas ao culto do nome de Jesus e a diversas comunidades de mercadores estrangeiros sedeadas em Lisboa.