Fracassadas as tentativas de fundação encetadas em 1606, a presença dos Hospitaleiros em Montemor-o-Novo seria definitivamente retomada em 1624, no âmbito da construção de uma nova igreja no local associado ao nascimento de S. João de Deus. A primeira pedra do templo seria lançada a 24 de Junho de 1625 e, em 1633, efectuar-se-ia a compra do terreno destinado à construção do convento. Contudo, a sua edificação só se iniciaria em 1676, possivelmente face ao enfraquecimento da oposição movida pela misericórdia da vila, dado que no ano seguinte os irmãos de S. João de Deus passariam a assumir, em substituição desta, a administração do Hospital de Santo André. O edifício receberia importantes obras de ampliação de 1712 a 1719, entre 1757-59 e entre 1827 e 1830. Convento extinto em 1834.