Canónica fundada sobre o cemitério dos cruzados alemães logo após a conquista cristã da cidade de Lisboa (1147), no exterior da antiga cerca medieval da cidade. Após um período de indefinição, o convento seria definitivamente convertido numa comunidade de cónegos regrantes de Santo Agostinho (c. 1161-1164). O edifício românico, datável de 1275-1300, sofreria sucessivas e profundas campanhas de ampliação e remodelação, até à sua substituição por uma nova igreja e convento, edificados após 1580, por iniciativa do rei Filipe II de Espanha. O novo templo e as dependências conventuais continuariam a ser objecto de renovados investimentos artísticos ao longo dos séculos XVII e XVIII. Aí se alojou, a partir de 1773, a igreja patriarcal, em virtude da ruína da Capela Real de S. Tomé dos Paços da Ribeira por ocasião do terramoto de 1755, obrigando à transferência dos cónegos de S. Vicente para o Convento de Mafra. Estes regressariam à canónica lisboeta em 1792, aí permanecendo até à extinção das ordens religiosas masculinas, decretada em 1834.