Mosteiro fundado entre 1534-35, com o título de Real Mosteiro das Chagas de Cristo. É sua primeira abadessa, Madre Soror Maria de São Tomé, freira professa da Conceição de Beja, irmã de Dona Joana de Mendonça, mulher do duque de Bragança, D. Jaime. O cenóbio tinha sido anteriormente ocupado por freiras agostinhas que saíram para fundar o mosteiro de Santa Cruz. A esta comunidade franciscana estão ligadas duas bulas, uma de 1530, de Clemente VII e outra de Paulo III, de 1534, que éconfirmação da primeira, em virtude da qual é dada autorização para a fundação da casa, sendo a instituição suportada com a anexação das comendas de S. Miguel de Baltar e Santo Estêvão da Chancelaria, com a sua igreja de S. Bartolomeu de Margem. Mas a instalação da comunidadesó se realizaria depois de 1539. Coloca-se, inicialmente, na obediência da Província da Piedade, mas passa, logo de seguida, à jurisdição da Província dos Algarves. Extinto em 1902, após a morte da última religiosa.