Mosteiro fundado na zona oriental de Lisboa pela rainha D. Leonor, viúva de D. João II, que pede licença ao papa Júlio II e do qual recebe, em 1508, três breves, autorizando a fundação de um mosteiro de clarissas. Para aí se deslocam, em 1509, sete clarissas vindas do convento de Jesus de Setúbal, que se instalam numas casas adquiridas a D. Inês, viúva de Álvaro da Cunha. Abençoado o convento, em 1509, pelo arcebispo de Lisboa, D. Martinho da Costa, as freiras professam a Primeira Regra de Santa Clara. A rainha habita junto das monjas num paço que para si manda edificar e jaz em campa rasa no claustro do mosteiro. Em 1510, a comunidade é recebida pelos observantes franciscanos portugueses e, dois anos depois, integrada na sua província. Recebe ainda, por intervenção da rainha D. Leonor, as relíquias de Santa Auta, que chegam a Lisboa a 2 de Setembro de 1517 e que são trasladadas para o mosteiro a 12 do mesmo mês. O mosteiro podia albergar vinte religiosas, limite estabelecido pelo papa Júlio II, em 1511, e elevado para trinta e três, em 1567, pelo papa Pio V. Em 1551, o cenóbio tinha quarenta e duas freiras de véu preto e quatro freiras veleiras (que pediam as esmolas pela cidade). Devido às inúmeras esmolas e protecção dos monarcas portugueses, é denominado Real Mosteiro da Madre de Deus, tornando-se um dos mais populares santuários da Lisboa do Renascimento. Extinto em 1869, viria a albergar o Museu Nacional do Azulejo.