Fundado em 1451, no lugar da ermida de S. Marcos (Coimbra),teve na sua origem uma capela instituída por testamento de João Gomes da Silva, em 1441, que D. Beatriz de Meneses, viúva de Aires Gomes da Silva, filho do instituidor, confiaria aos Jerónimos, juntamente com o lugar de S. Marcos, em 1451. Com base nos bens doados, as obras do futuro mosteiro iniciar-se-iam logo em 1453, sob direcção de mestre Gil de Sousa. Na sua edificação, participariam outros conceituados artistas, como Diogo de Castilho, Nicolau Chanterene e João de Ruão, com sucessivas campanhas de obras que se estenderiam até ao século XVIII. Extinto em 1834, o complexo conventual seria alvo de um violento incêndio em 1860, do qual pouco mais restou além da igreja e do dormitório.