Erecta em 1448, com sede no mosteiro da Penha Longa, transitaria para o de Santa Maria de Belém, cujo prior, de acordo com os estatutos aprovados em 1517, passava a acumular os cargos de regente da casa e provincial. Os inconvenientes desta situação no que respeita às dificuldades na vigilância e visitação das restantes casas da Província levaram à intervenção do Cardeal D. Henrique que, mediante a devida autorização pontifícia, redigiu novas determinações, promulgadas em 1574, que separavamo cargo de provincial do priorado de Santa Maria de Belém, a parde um reforço do poder de intervenção do Capítulo Geral. As perturbações causadas no interior da Província foram significativas, agravadas pela nomeação, em 1592, de um provincial espanhol, Fr. Juan de Quemada, para os mosteiros portugueses, e com a união dos mosteiros portugueses aos de Castela em 1595. Só com a restauração política da independência do Reino português, em 1640, se criariam de novo as condições para o restabelecimento da plena autonomia da província portuguesa, obtida somente em 1668.