Gerido pela Fundação de Arte Moderna e Contemporânea - Colecção Berardo, nos termos dos estatutos aprovados pelo Decreto-Lei n.º 164/2006, de 9 de Agosto, instalado na área expositiva do centro de exposições do Centro Cultural de Belém, o Museu foi inaugurado em 2007 e acolhia exposições temporárias, bem como a coleção permanente de José Manuel Rodrigues Berardo. Decorrente do arresto judicial de maior parte das obras, o então Ministro da Cultura anunciou a suspensão do protocolo com os instituidores (Fundação Centro Cultural de Belém, José Manuel Rodrigues Berardo e a Associação Colecção Berardo) com efeitos a 1 de Janeiro de 2023.